Objectifs
Ce sujet de thèse, a pour objectif de mieux comprendre dans un premier temps les interactions entre des molécules d’intérêts thérapeutiques, et de nouveaux solides hybrides poreux cristallisés (MOFs) biocompatibles et non toxiques, et de s’intéresser ensuite aux capacités à la fois d’encapsulation et de libération contrôlée de ces nouveaux nanovecteurs : i.) en sélectionnant des systèmes modèles solides poreux/médicaments (antibiotique, anti-inflamatoires et anti-tumoral) ii.) en mettant en œuvre des simulations numériques classiques (minimisation d’énergie et Dynamique Moléculaire) et quantiques couplées à des données expérimentales disponibles (mesures thermodynamique, spectroscopique et cinétique) pour évaluer la nature et la force de ces interactions et caractériser les cinétiques de libération, iii.) en développant une approche statistique originale de type QSAR « Quantitative Structure Activity Relationship » dont l’objectif est de rationaliser l’ensemble des informations théoriques et expérimentales et ainsi de prédire les caractéristiques physico-chimiques des solides qui permettraient d’accéder à une optimisation des interactions et in fine prédire les matériaux potentiellement intéressants pour l’encapsulation et la libération contrôlée de molécules thérapeutiques.
Ce projet aura donc pour objectif majeur de proposer de nouveaux nano-vecteurs et de définir leurs propriétés physico chimiques afin d’optimiser leur choix et d’améliorer leur adaptation aux molécules à libérer. Ces informations pourront ensuite être transmises à nos partenaires expérimentateurs. L’encapsulation de principes actifs au sein de ces nanovecteurs constitue une avancée majeure car elle permettrait : (i) de protéger la molécule active de la dégradation et (ii) d’assurer sa libération spécifique au niveau des organes/tissus malades, en diminuant les effets toxiques au niveau d’organes sains.
Pour mener à bien ce travail, une interaction très forte sera mise en œuvre avec des partenaires experts en chimie (méthodes de synthèse, caractérisation) et en pharmacie (tests in vivo) d’une part et des spécialistes de codes de calculs statistiques. Le groupe du Professeur Férey de l’’Institut Lavoisier à l’Université Saint Quentin en Yvelines-Versailles, avec lequel l’équipe d’accueil a tissé des liens très forts au cours de ces dernières années sera un interlocuteur privilégié tout au long de ce projet en complément de l’expertise reconnue au sein de l’Institut. La PME Nova Decision localisée à Montpellier, qui co-finance la thèse, forte de ses collaborations avec l’industrie pharmaceutique et de son expérience dans la design de nouveaux médicaments, fera bénéficier le doctorant de ses outils technologiques de type QSAR, notamment par l’intermédiaire d’un des codes les plus récents (SARA) qu’elle a développés.

Profil du candidat
Titulaire d'un master en chémo-informatique ou chimie, justifiant d'une première expérience en modélisation QSAR - constitution/gestion de bases de données physico-chimiques et/ou en simulations classiques (Dynamique Moléculaire) ou quantiques (DFT) appliquées à des systèmes biologiques.

Candidature
Retirer le dossier en ligne : https://www2.cnrs.fr/DRH/doctorants-09/ (Offre Institut Chimie numéro 18) et le renvoyer au laboratoire d’accueil avant le 24 avril

Proposition de post-doc - Système biologiques - Sophia Antipolis - (25 février 2009)

Environnement
The postdoc will be supervised by F. Cazals (INRIA Sophia-Antipolis, Algorithms-Biology-Structure), and C. Prevost (Laboratory of Theoretical Biochemistry, CNRS Paris). The post-doc will be hosted at INRIA Sophia-Antipolis in the Algorithms-Biology-Structure group, but frequents visits in the Paris center will be in order.

Missions
The goal will to develop and test novel strategies for flexible docking algorithms, in particular regarding the selection of conformations used by algorithms based on mean field theory.

Activités
For systems whose flexibility cannot be explored resorting to molecular dynamics simulations, the manipulation of discrete ensemble of pre-generated conformers is the route of choice. This strategy is valid for fragments of any size, namely for side chains, protein loops or domains. Because the generation of such ensembles does not take into account the whole environment of the fragment (in the whole protein or complex), the energetic functionals used to compute the energy of a conformer cannot, in general, be directly related to the thermodynamic equilibrium between the conformations. This observation calls for the development of methods providing a rather uniform sampling of the conformational space of the fragment considered, so as to retain conformers avoiding obvious steric clashes. But such algorithms face one central difficulty: that of characterizing the conformational space coverage, so as to maximize the diversity of the conformers.
This postdoc will consist of developing and testing algorithms in this vein. On the algorithmic side, the goal will be to develop geometric algorithms, efficient and reliable, able to output diverse conformational ensembles to be bused by mean field theory based docking algorithms. On the application side, tests will be conducted on loops of flexible proteins, at the coarse and atomic levels. Depending on the profile of the successful candidate, the focus will be oriented on the algorithms side, or on the validation side.

Contacts: frederic.cazals@sophia.inria.fr Duration: 12 months + possible extension to another 12 months.

Compétences et Profil
PhD in biophysics, or applied mathematics / computer science with strong interests in structural biology.

Proposition de post-doc (2 ans) en modélisation moléculaire - Orléans - (12 janvier 2009)

APPEL A CANDIDATURE CLOS - LE POST DOC A ETE RECRUTE

Le(la) candidat(e) intégrera l’équipe de modélisation de l’ICOA Institut de Chimie Organique et Analytique CNRS UMR6005 de l’Université d’Orléans (France). Cette embauche est financée dans le cadre du projet APR Région Centre (projet RASTA) impliquant 3 partenaires (INRA, FR CNRS et GreenPharma SA) et notre équipe de modélisation moléculaire de l’ICOA. Le(la) candidat(e), embauché pour une période de 24 mois, devra posséder une bonne connaissance des méthodes de modélisation moléculaire. Il(elle) sera sélectionné(e) sur la base des connaissances qu’il/elle aura acquises lors de son doctorat ou lors de sa formation initiale.

Descriptif du sujet :
Le récepteur de l’hormone folliculo stimulante (FSH) joue un rôle très important dans la fertilité et est impliqué dans des pathologies à forte incidence telles que : les infertilités masculines et féminines, le syndrome des ovaires polykystiques ou encore les cancers ovariens. Cependant, il n’existe actuellement aucun agent pharmacologique capable de moduler l’activité de ce récepteur. Le projet RASTA, en se basant sur de nouveaux concepts pharmacologiques, a pour but d’identifier des agonistes capables d’induire sélectivement une partie des voies de signalisation normalement activées par la FSH et d’ouvrir ainsi la voie à de nouvelles approches thérapeutiques présentant moins d’effets indésirables. Le projet repose sur des expertises développées en Région Centre par des biologistes (PRC), des chimistes (ICOA), des modélisateurs (FR CNRS 2708) et une PME (GreenPharma SA). Des chimiothèques essentielles seront criblées différentiellement. Une démarche d’optimisation rationnelle par chemoinformatique sera alors entreprise qui conduira à la constitution d’une chimiothèque enrichie et à son criblage.

Coordonnateur du Projet : Dr C. MAROT (MCF HDR – ICOA)
Encadrant du Chercheur Post-Doctoral : Dr C. MAROT (ICOA) – Dr S. BOURG (FR ICOA/CBM)

Le(la) candidat(e) participera à l’élaboration de nouvelles connaissances des interactions entre le récepteur transmembranaire FSH et des molécules synthétiques ou naturelles au moyen de méthodes de modélisation moléculaire telles le docking et le screening virtuel. Une approche de construction du récepteur sera envisagée par homologie. Une approche de recherche par pharmacophore, SAR ou QSAR pourrait être aussi envisagée. En résumé, le(la) candidat(e) devra posséder les compétences suivantes - bonne connaissance des procédures et des programmes de modélisation moléculaire - bonne connaissance du comportement et/ou des caractéristiques des protéines.
contact : christophe.marot@univ-orleans.fr
voir : http://www.univ-orleans.fr/icoa/modelisation/

Profil du candidat :
Le candidat doit être docteur en chimie, spécialisé dans le domaine de la modélisation moléculaire. Les compétences requises dans le domaine de la modélisation sont tout particulièrement : Le docking, la dynamique moléculaire, le screening virtuel et le QSAR

Sujet : Simulation moléculaire de la dynamique des microtubules.
Mot-Clés : auto-assemblage des biomolécules, de la tubuline aux microtubules, modélisation moléculaire très gros grain.
Profil recherché : Docteur en biophysique ou biochimie moléculaire avec expérience en modélisation et/ou chimie computationnelle.
Lieu : Laboratoire Analyse et Modélisation pour la Biologie et l'Environnement, Université d'Evry.
Salaire : Environ 2000 euros net.
Durée : 1 an.
Renseignement et contact : Tap Ha-Duong (thaduong@univ-evry.fr)

Description du sujet de recherche : La modélisation moléculaire à l'échelle atomique ne permet pas d'étudier les assemblages bio-moléculaires sur des temps de plusieurs microsecondes. Or il apparaît évident que la compréhension des systèmes biologiques nécessite d'étudier l'auto-organisation de milliers de macromolécules. Pour la simulation moléculaire de ces systèmes, il faut pouvoir proposer des modèles très simplifiés de protéines, décrites à l'échelle de leurs domaines, afin de réduire significativement le nombres de particules à traiter. Néanmoins, la structure globale de ces assemblages dépendant des interactions locales entre leurs constituants, il est nécessaire de bien identifier les paramètres essentiels de ces modèles avant de les injecter dans des simulations numériques. Les microtubules font partie de ces systemes biologiques, dynamiquement auto-organisés dans le cytosquelette. Ils sont constitués par l'association non-covalente de la tubuline, une protéine d'environ 100 kDa. La dynamique de formation des microtubules est cruciale pour la mitose, la migration et la signalisation cellulaire, et les molécules qui altèrent la polymérisation des microtubules constituent une famille majeure d'agents anticancéreux. Aujourd'hui, les modèles proposés de la formation des microtubules sont principalement des descriptions phénoménologiques qui ne relient pas clairement les propriétés moléculaires de la tubuline à la structure des microtubules. L'objectif de ce travail post-doctoral est de construire un modèle très simplifié de la tubuline, à l'échelle de ses domaines, afin de pouvoir simuler la formation des microtubules. Le développement du modèle se fera en trois étapes.

Les simulations de la formation des microtubules permettront de mieux comprendre les différents facteurs physiques qui gouvernent l'auto-organisation de ces systèmes biologiques.

Proposition de thèse - Evry - (1er septembre 2008)

Sujet : Modélisation de la dynamique de la tubuline et des complexes tubuline-ligand.
Mot-Clés : flexibilité des biomolécules, docking protéine-ligand, modélisation moléculaire gros grain.
Profil souhaité : Etudiant en physique ou chimie biomoléculaire et théorique.
Lieu : Laboratoire Analyse et Modélisation pour la Biologie et l'Environnement, Université d'Evry.
Bourse : Environ 1200 euros net.
Renseignement et contact : Tap Ha-Duong (thaduong@univ-evry.fr)

Description du sujet de recherche : Les microtubules sont des polymères du cytosquelette, formés par l'association non-covalente de latubuline, une protéine d'environ 100 kDa. La dynamique de formation des microtubules est cruciale pour la mitose, la migration et la signalisation cellulaire. Les molécules qui altèrent la polymérisation des microtubules constituent une famille majeure d'agents anticancéreux.

Aujourd'hui, il existe seulement deux structures expérimentales de la tubuline. Néanmoins la résolution de ces structures est insuffisamment précise pour permettre de caractériser sans ambiguïté les sites de fixation de ligands sur la tubuline. L'objectif de cette thèse sera de proposer des modèles moléculaires de complexes de la tubuline avec des protéines modulant la formation des microtubules, en particulier la protéine CPAP connue pour non seulement inhiber la formation des microtubules mais aussi déstabiliser leur structure. Ces modèles, combinés à des études expérimentales menées en collaboration avec Philippe Savarin du laboratoire « Structure et Activité des Biomolécules Normales et Pathologiques », permettront de mieux caractériser les interactions de la tubuline avec des ligands ayant un fort potentiel pharmacologique. Compte tenu de la taille des complexes moléculaires envisagés, il sera judicieux d'utiliser des modèles simplifiés de protéines qui représentent leurs acides aminés avec deux ou trois « gros grains » au lieu de tous leurs atomes, ce qui réduit considérablement les temps de calculs. Cette thèse débutera donc par le développement et les tests préalables de modèles « gros grain » de protéines, qui incluront en particulier une représentation simplifiée de leur flexibilité interne. Ces modèles serviront à simuler la dynamique et les changements conformationnels de la tubuline, ainsi qu'à étudier les processus de reconnaissance de la tubuline par d'autres molécules modulant la formation des microtubules.

Proposition contrat d'apprentissage 2008-2010 - Master 2 BioInformatique, Rouen

La mission confiée à l'apprenti(e) consistera en la création d'une base de données de protéomique structurale végétale. Cette banque de donnée interactive sera alimentée par des données expérimentales de protéomique d'Arabidopsis thaliana ainsi que par l'analyse bioinformatique du protéome prédit à partir des données de génomique.

Egalement, cette banque de données devra permettre la visualisation de la structure des protéines d'Arabidopsis thaliana, en relation avec les banques de données PDB et/ou swiss-model ou encore de réaliser la modélisation moléculaire comparative systématique de la structure des protéines d'Arabidopsis thaliana.

Début de la formation : 8 Septembre 2008
Site web de la formation : http://www.univ-rouen.fr/ABISS/MasterBioinfo/
Date limite de dépôt de candidature : 1er septembre 2008

UMR 6014 CNRS Université de Rouen - Groupe d'Analyse Structurale – RMN et Modélisation Moléculaire
Isabelle SEGALAS-MILAZZO - Isabelle.Milazzo@univ-rouen.fr
Laurence MENU-BOUAOUICHE – Laurence.Menu@univ-rouen.fr

This project will aim to develop a modelling tool which starting from a biology need, is able to predict the structure and chemical composition of porous metal organic frameworks (MOFs) and zeolites materials. The predicted properties of these new materials will be confronted with their performance in biological tests realised by our experimentalist collaborators. For instance, MOFs with metallic systems (Fe, Ti...) are expected to possess a good biocompatibility according to the low toxicity of isolated compounds. In addition, the first preliminary in vivo toxicity test of some iron carboxylates MOFs confirmed the non toxicity of these solids. The target application is the use of this material for the controlled drug release. There is a strong need to develop new methods for controlling the drug release for a prolonged and better control of drug administration. The traditional “organic route” uses bio-compatible polymers while the “inorganic route” uses zeolites or mesoporous silicate materials. In the first case, most drugs can be encapsulated but a controlled release is difficult to achieve without a defined porosity. In the second case, this release requires a grafting of organic molecules on the pore walls but with a decrease in the drug loading capacity. The present project deals with a third way: the ‘hybrid’ route with the use of MOFs for drug delivery. Previous studies performed with Ibuprofen and the MIL-101 MOF clearly indicates that high and regular porosity combined with the presence of organic groups within the framework leads both to a high drug loading and a controlled release. MOFs with large pores could thus successfully allow the drug delivery of many pharmaceutical molecules of a high interest, such as drugs that show a poor bioavailability due to their low stability or solubility in water, and/or toxicity phenomena due to their side effects

A possible way to explore this field will be to develop a Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR) method widely used since the last years for designing new drug delivery systems and provide insight into biological activity (protein recognition) and pharmaceutical formulation. From the experimental data collected for the adsorption of biological molecules on model MOFs, the objective will be to establish mathematical relationships which correlate biological molecules specific variables with physicochemical properties and molecular descriptors of the hybrid solids including the structure, the pore size, the nature of the metal, organic linkers and grafting ligands. The implementation of such a multidisciplinary approach will allow us to build a unique predictive tool able to tune innovative materials, thus avoiding the limiting factor of time required to perform the in vivo tests for a large series of materials. Such tuned samples will be synthesized by our collaborators, and their adsorption/release properties with respect to different biomolecules will be investigated in order to confirm (validate)/infirm the simulations. These new results will be then used as additional input to improve the statistics and thus refine our future predictions.

This work will be conducted in strong interactions with academic experimentalists and an industrial company SANOFI. Funding is provided by both industry and an European project.

Salary : 2100 euros/month net Requirements : Expertise in QSAR statistical methods.

Syngenta, un des leader mondial de l'agro-industrie s'engage pour une agriculture durable par le biais de ses activités de recherche et de développement. Syngenta Seeds occupe le troisième rang sur le marché des semences commerciales à haute valeur ajoutée.

Syngenta Seeds recrute dans le cadre d'un CDI un(e) Bio-Analyste pour son laboratoire situé à Saint-Sauveur (Toulouse Nord).

Mission :
Au sein du laboratoire de recherche, vous serez impliqué dans le processus d'automatisation et d'analyse statistique et biologique en interaction avec l'ensemble de l'équipe du laboratoire.

Profil :
- Bac+5 en Informatique et / ou Biologie
- Vous êtes doté (e) d'une bonne expérience du développement Java ou Perl
- Vous avez des connaissances concernant les statistiques appliquées à l'analyse de données biologiques
- Vous êtes capables de vous exprimer en anglais à l'écrit comme à l'oral
- Vous êtes capables de travailler dans un environnement multidisciplinaire

Vous êtes doté(e) d'au moins 3 ans d'expérience en tant que Bio-Analyste, dans le domaine de l'informatique et la statistique mises à disposition de la science.

Rigueur, sens du travail d'équipe, et capacité d'organisation vous permettront de réussir à ce poste.

Adressez votre candidature à Mlle Charline CASSAGNAUD, Service des Ressources Humaines, charline.cassagnaud@syngenta.com

Poste de Maître de Conférence en Modélisation Moléculaire - Nice - (27 février 2008)

Profil officiel :
MC (CNU 31/32) : Chimie structurale (bio)analytique, biophysique moléculaire

Sous réserve de confirmation par publication au Journal Officiel, un poste de maître de conférences en 31/32ème section, au laboratoire LCMBA-UMR6001, Université de Nice-Sophia Antipolis, est susceptible d'être mis au concours du printemps 2008.

Profil recherche :
Le candidat retenu intégrera l’équipe Modélisation du laboratoire LCMBA-UMR CNRS 6001. Le domaine de recherche concerne l'étude d'interactions ligands/macromolécules biologiques par des méthodes théoriques (modélisation moléculaire) et par l'exploitation de résultats expérimentaux (méthodes spectroscopiques, physico-chimiques, biophysiques).
Le candidat devra s'intégrer dans un contexte où il aura à collaborer à la fois avec les chimistes théoriciens et les expérimentateurs sur des sujets liés aux propriétés biologiques et organoleptiques de molécules naturelles ou de synthèse.
Le candidat retenu aura des compétences attestées en modélisation moléculaire, en particulier dans la mise en œuvre des méthodes de mécanique et dynamique moléculaire et de docking.
Des connaissances en bio-informatique (construction et validation de structures 3D, recherche et prévisions de propriétés moléculaires par data-mining dans les bases de données) et/ou des compétences en techniques physico-chimiques (et plus particulièrement de la RMN multidimensionnelle qui est l’outil par excellence pour l’étude des interactions impliquant des macromolécules biologiques) seraient des atouts appréciables.
Une formation initiale ayant apporté des bases solides en chimie est nécessaire à la fois pour le domaine de recherche concerné et pour assurer les enseignements au sein du département de Chimie.

Profil Enseignement :
Le candidat retenu effectuera ses enseignements au sein du département de formation en Chimie.

Compléments :
Des informations complémentaires concernant le laboratoire et l’équipe peuvent être trouvées à l’adresse suivante : http://www.unice.fr/lcmba

Administrateur des systèmes informatiques et réseaux, avec compétences en calcul scientifique - Paris - (19 février 2008)

Emploi :
CDD Ingénieur d'Etudes en Informatique de 12 mois avec création d'un poste IE CNRS ouvert au concours de la session de printemps 2009. Poste à pourvoir immédiatement.

Mission :
L'administrateur des systèmes et réseaux au sein du Laboratoire de Biochimie Théorique (UPR9080 CNRS, IBPC, Paris) administre et exploite les moyens informatiques, matériels et logiciels, assure la mise en service de systèmes et produits nouveaux.
La partie calcul scientifique du poste met en œuvre les méthodes de l'analyse numérique pour créer ou proposer les outils adaptés au traitement d'un problème scientifique.

Activités :
Définir et mettre en place les moyens et les procédures pour garantir les performances et la disponibilité des moyens de calcul scientifique
Définir l'architecture matérielle et logicielle en prenant en compte l'environnement existant et proposer des scénarios d'évolution en cohérence avec les besoins scientifiques
Concevoir et développer des outils logiciels pour l'administration du système
Installer, administrer, maintenir et faire évoluer le matériel informatique, le réseau et ses services
Installer et paramétrer des logiciels de calcul scientifique
Choisir, adapter, intégrer les développements existants et programmer les éléments manquants pour traiter un problème de calcul scientifique, en respectant la précision demandée
Porter et optimiser les logiciels et applications sur de nouvelles architectures
Participer à l'exploitation des serveurs de calcul
Gérer l'interconnexion du laboratoire avec l'institut d'accueil (IBPC)
Appliquer les normes et standards de sécurité
Assurer la veille technologique et tester de nouveaux produits et standards
Négocier avec les fournisseurs d'équipements informatiques.
Former, conseiller et assister les utilisateurs.
Maintenir la base de connaissance du laboratoire

Compétences :
Connaissance approfondie des concepts et techniques d'architecture des systèmes et réseaux (Linux, MacOSX, NIS, NFS, Apache).
Connaissance approfondie des différentes architectures matérielles
Connaissance approfondie des technologies, protocoles et outils de calcul scientifique
Connaissance générale des procédures de sécurité informatique
Utiliser des outils d'administration, d'audit et d'analyse des systèmes
Développer de manière autonome et créative des solutions adaptées à l'unité (supervision, maintenance, sauvegarde…)
Maîtriser un système d'exploitation standard et au moins un langage associé
Maitriser un langage de script (perl, python, bash, etc..)
Connaître l'environnement d'exercice de sa fonction
Notions de base sur les règles de qualité pour l'écriture des logiciels et la maintenance d'un « espace de travail partagé »
Utiliser les techniques informatiques pour le traitement, la modélisation et la représentation du problème scientifique (par ex. techniques de parallélisation, vectorisation, modélisation objet, couplage de codes, etc.)
Mettre en œuvre des langages de programmation, dont le langage C, et les techniques de parallélisation
Savoir gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités
Travailler en interaction avec une équipe dans le cadre d'un projet de recherche Rédiger des notes techniques et supports de formation
Animer un réseau d'utilisateurs
Reformuler une demande d'utilisateurs en termes techniques
Savoir transmettre un certain nombre de savoir-faire (techniques, documentaires, méthodologiques ...) en adaptant ses explications au public concerné.
Connaître les partenaires industriels et institutionnels
Anglais – lecture/écriture indispensables

Exemples de systèmes actuellement en place dont il faudra assurer la gestion : MySQL, mediawiki, moinwiki, svn/trac, calcul parallèle (LAM/MPICH), Apache, etc...

Contexte :
Le Laboratoire de Biochimie Théorique (www.ibpc.fr) est situé au sein de l'Institut de Biologie Physico Chimique, 75005 Paris. Ses domaines de recherche sont axés sur la modélisation des protéines, ADN, ARN, et complexes moléculaires.
Le LBT regroupe une vingtaine de personnes, pour une centaine de machines à gérer, principalement sous linux : serveurs, postes de travail, machines de calcul.
Le poste nécessite de bonnes capacités d'organisation

Contact :
Philippe Derreumaux
Professeur Université Paris 7 Denis Diderot – UFR Sciences du Vivant
Directeur UPR9080 CNRS, IBPC
13 rue Pierre et Marie Curie
75005 Paris, France
Tel: 01 58 41 51 72
E-mail: philippe.derreumaux@ibpc.fr

Bourse doctorale en Modélisation moléculaire - Nice - (23 janvier 2008)

Le(la) candidat(e) intégrera l’équipe modélisation du laboratoire LCMBA de l’Université de Nice Sophia-Antipolis. Cette embauche est financée dans le cadre du projet ANR Hyliox impliquant 3 partenaires expérimentateurs et notre équipe.

Le(la) candidat(e) devra avoir une bonne connaissance des méthodes de chimie théorique, mécanique quantique et/ou mécanique moléculaire (minimisation et dynamique) qu’il/elle aurait acquise lors de son stage de Master 2 et/ou lors de sa formation initiale.

Le(la) candidat(e) participera à l’élaboration de nouvelles connaissances concernant la diffusion de gaz (O2, H2…) au sein de matrices protéiques, s’appuyant notamment sur des résultats expérimentaux apportant des indices structuraux (RX…) et mécanistiques (mutagénèses dirigées…).

Le(la) candidat(e) travaillera en étroite collaboration avec les équipes expérimentales participant au projet et devra nécessairement passer du temps au sein de leurs laboratoires. En résumé, le(la) candidat(e) devra posséder les compétences suivantes
- bonne connaissance des procédures et des programmes de modélisation moléculaire
- adaptabilité, mobilité

Contact : S. Antonczak. Serge.Antonczak@unice.fr

Post-doctorat fellowship in molecular modelling - Nice - (23 janvier 2008)

The candidate will join the molecular modelling team of the LCMBA laboratory, at the University of Nice-Sophia Antipolis. This fellowship is funded by the French ANR, under the Protanin acronym, involving 3 experimental partners and our team.

We plan to hire for 12 month a post-doctoral researcher possessing a background in molecular modelling, on the basis of the knowledge he/she would have acquired during his/her initial formation and during his/her thesis research.

The candidate will participate to a better understanding of the interaction phenomena between small unfolded proteins and tannin molecules by means of molecular modelling procedures and quantum mechanics.

Since this part is only a single aspect of the whole project, the candidate will have to work in close connection with experimentalists and will necessarily have to spend time in the laboratories of our partners. Thus the following skills are required:
- good knowledge of molecular modelling procedure and programs (MD, Monte-Carlo, QM…)
- adaptability, mobility
- knowledge on the behaviour and /or characteristics of poorly structured proteins would be a plus.

Contact : S. Antonczak. Serge.Antonczak@unice.fr

Post-doctorat en modélisation moléculaire (H/F) Réf : 11 051 - Région Parisienne (28 novembre 2007)

Justifiant d'une solide expérience en modélisation, vous contribuerez aux différents projets de chimie médicinale en apportant votre expertise en dynamique moléculaire des protéines. Des compétences en biologie structurale (NMR, cristallographie) seraient un plus.

Pour ce CDD d'une durée de 18 mois, nous vous remercions d'adresser votre candidature (CV et lettre de motivation), en précisant la référence du poste (11051), à Publival : 27 route des Gardes - 92190 Meudon - cel@publival.com

Virtual Reality in Computational Biology - Postdoctoral position - CDD - IBPC - Paris (30 octobre 2007)

Project description (see also http://www.shaman.ibpc.fr/fvnano_postdoc.pdf)
We are seeking a highly motivated research programmer or a postdoctoral fellow to develop software tools for interactive high performance simulations coupling virtual reality, scientific visualization and parallel simulation through a full cooperation with on-going projects. The main application at the centre of this project targets handling and exploring simulations of biological or physical complex objects at the nanoscopic scale, using a virtual reality platform with haptic feedback. The successful candidate will join our group developing state-of-the-art computer simulation methods. This position is a unique training opportunity in a multi-disciplinary environment in collaboration with three other leading teams in France who are experts on complementary topics.

Qualification and experience
The candidate should have a PhD in visualisation, computer graphics, virtual reality or a related field. Skills in haptics would be appreciated. Specific experience with scientific computing in general and computational biology in particular is not required, but would represent an important advantage over other candidates. Strong skill in computer programming (in particular Objective-C, Cocoa), VTK or virtual reality and a good background in computer science is also an important prerequisite. Ability to work effectively in a team-based environment and leadership qualities are essential. Funding is available immediately.

About the host institute
The "Institut de Biologie Physico-Chimique" was created in 1930 by the Foundation Edmond de Rothschild. It is associated with the CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), a leading international scientific institution offering an exceptional environment to scientists early in their career.

Closing date: 20 November 2007
Interested candidates should send a CV and a letter of motivation as PDF document to baaden@ibpc.fr. Please include the names of three referees.

When? 3 years starting Jan 2008
Where? Laboratoire de Biochimie Theorique, Paris, France
Salary: 2500 Euro/month
Project Leader: Marc Baaden
Website: http://www.baaden.ibpc.fr/projects/fvnano

Computational Chemist - Nova Decision startup - CDI - Montpellier (24 octobre 2007)

Nova Decision is a French startup company engaged in commercialising innovative software and services dedicated to R&D in drug discovery. Nova Decision is based in the south of France at Montpellier (150 km from Marseille).

The successful candidate will implement and drive the Computational Chemistry strategy for our internal projects and for our customers' drug discovery projects in hit finding, hit-to-lead and lead optimization stages, in order to deliver the highest standards of medicinal chemistry for the company. He/She will contribute to the broader strategy of chemoinformatics in the field of structure based drug design. He/she will collaborate across all discovery groups in house or at our customers' side (such as Medicinal Chemistry, HTS, in vitro pharmacology, Metabolism and Pharmacokinetics (DMPK).
Qualified candidates will have a PhD in computational chemistry, molecular modelling or related fields with a strong background in chemistry. Experience in computational chemistry within the pharmaceutical industry is a plus. He/she should have in-depth knowledge and expertise in more than one of the following areas: pharmacophore generation, small molecule modeling, 2D/3D QSAR, docking and scoring, virtual screening, de novo and ligand design methods, lead hopping, homology modelling and HTS analysis.

We are seeking individuals with excellent communication skills who are creative, organized, enthusiastic, independent problem solver with excellent critical thinking skills and who are able to work effectively in a multidisciplinary discovery team environment.

Ingénieur Mécanique Moléculaire et structure des protéines - CDD - Grenoble (9 octobre 2007)

Niveau post-doctoral: CDD d’un an salarié par une Biotech pour un projet de modélisation moléculaire à effectuer à Grenoble dans un laboratoire CNRS. Connaissances requises en mécanique moléculaire et structures des protéines.

Ingénieur Modélistaion Moléculaire QSAR/QSPR/CHEMOINFORMATIQUE - CDI - Région Parisienne (20 septembre 2007)

Expert national au service de la sécurité environnementale, l'INERIS (560 pers., budget 60 M€) conjugue et met en œuvre de larges compétences industriels, à la protection de l'environnement et la santé.

Au sein de l'unité de toxicologie expérimentale (15 personnes), et plus particulièrement d'une équipe de modélisateurs statisticiens de 6 à 8 personnes, vous conduisez des travaux d'étude et recherche en modélisation (Q)SAR/QSPR et création, structuration et exploitation de base de données pour des finalités toxicologiques. Vous participez en particulier au développement, en concertation et collaboration avec l'industrie chimique européenne, d'un outil décisionnel permettant de prédire la toxicité des substances chimiques et d'identifier la stratégie d'évaluation toxicologique la plus adaptée aux substances analysées.

Votre mission intégrera les activités déjà en cours à l'unité TOXI sur l'évaluation expérimentale et computationnelle de la toxicologie. Vous avez pour missions :

- De développer l'expertise scientifique et technique sur le thème de la modélisation moléculaire de la toxicité appliquée à l'évaluation du risque chimique. Dans le cadre de projets de recherche partenariale et des programmes de recherche et expertise de l'INERIS, vous utiliserez cette compétence en vue de l'implémentation d'outils informatisés pour l'analyse du risque et danger chimique. Votre travail sera essentiel pour l'identification des facteurs qui jouent un rôle important pour l'élaboration d'une stratégie de tests toxicologiques et la quantification du risque pour l'homme et l'environnement dû aux propriétés chimiques d'une molécule. Les outils et concepts mis en place serviront également à diminuer à terme le recours à l'expérimentation animale.

- D'assurer la conduite générale et la réalisation scientifique de programmes de recherche publique et en partenariat avec l'industrie. D'assurer la promotion et la recherche de financements dans ce domaine auprès des instances scientifiques et techniques nationales et internationales, de l'Etat, des collectivités locales et des industriels

- Titulaire d'une thèse ou master en chemoinformatique ou chimie, justifiant d'une première expérience en modélisation QSAR et constitution/gestion de bases de données physico-chimiques.

- Maîtrise des outils informatiques spécifiques du domaine de recherche : systèmes d'exploitation, langages de programmation, internet, stockage et traitement de données (bases de données, data mining) et spécifiques à la chemoinformatique (méthodes structure-propriété, chimie combinatoire théorique, criblage virtuel).

- Autonomie et rigueur. Aptitude à travailler en équipe avec des personnes de compétences diverses (biologistes, toxicologues …)

VOUS SOUHAITEZ EVOLUER DANS UN ENVIRONNEMENT DE HAUT NIVEAU SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE ? VENEZ NOUS REJOINDRE !

CDI - Poste basé à Verneuil-en-Halatte (Oise), 10 mn de Chantilly, 40 mn de Paris

Post-doc en Modélisation Moléculaire - Région Parisienne (16 juillet 2007)

Pour ce CDD d'une durée de 18 mois, nous vous remercions d'adresser votre candidature (CV et lettre de motivation), en précisant la référence 7037, à PUBLIVAL, 27 route des gardes 92190 MEUDON ou par mail (adv@publival.com en précisant bien la référence 7037) qui transmettra.

Société de Biotechnologie, recherche un(e) responsable système d'information pour garantir le développement, la fiabilité et la sécurité de son système d’information.

Société : Filiale d’un groupe de 6 000 collaborateurs et CA d’ 1Md € Rattachement hiérarchique : Directeur Général

Missions : Dans un environnement bioinformatique, vos missions principales seront :

* la mise en œuvre technique et l’administration de l’infrastructure système dans un environnement de type Unix/Linux - Oracle ;

* la gestion de projet, le développement d’applicatifs et de bases de données selon les besoins de l’entreprise.

Profil recherché : Formation scientifique supérieure (Bac +3/5) à dominante informatique, ingénieur ou équivalent. Expérience significative de plus de 5 ans. Des compétences en langages de programmation (perl, java, php) et des connaissances dans les logiciels de bioinformatique sont requises.

Contact : Candidature s/ref RHRESPSI, RH PARTNERS, Rosine Roy, 10 rue Pergolèse - 75782 PARIS Cedex 16 ou rroy@rh-partners.com

Chercheur en modélisation moléculaire - CDD - Région Parisienne (21 avril 2007)

Nous recrutons pour un Centre de Recherche pharmaceutique situé en région parisienne un chercheur en modélisation moléculaire.

Au sein d'une équipe de modélisation moléculaire, vous êtes responsable des études de modélisation dans le cadre de différents projets, pour lesquels vous serez en relation directe avec les chimistes et serez en interface avec les correspondants en biologie structurale (internes et externes).

En fonction des cibles des projets, vous utiliserez les outils les plus appropriés en vous basant sur vos compétences en : " Génération de pharmacophores " Modélisation des protéines : modèles par homologie de récepteurs ou d'enzymes " Docking de petites molécules et analyse des résultats : SAR " Screening virtuel : proposition de nouvelles molécules à tester, suivi et analyse des résultats en collaboration avec les chimistes et les pharmacologues " Analyse de la diversité dans le cadre du screening et/ou de l'acquisition de nouvelles collections.

Les logiciels Sybyl (Tripos), DS_modeling (Accelrys), Pipeline Pilot (Scitegic) sont à votre disposition ainsi que les programmes de docking : Gold, FlexX et Surflex.

Nous recherchons de préférence, un docteur en chimie ou pharmacie ayant une expérience professionnelle en modélisation.

Pour ce poste en CDD (d'une durée de 4 mois environ), nous vous remercions d'adresser votre candidature (CV et lettre de motivation), en précisant la référence 3163 , à adv@publival.com ou par courrier à PUBLIVAL réf 3163, 27 route des gardes 92190 Meudon.

Méthodes de simulations numériques et de modélisations moléculaires de peptides et de protéines (21 mars 2007)

Le candidat recruté intégrera la thématique du Pr Manuel Dauchez dont l’activité est centrée sur les relations structure-fonction-dynamique des macromolécules biologiques étudiées in computeo. Les méthodologies utilisées sont celles relevant de la modélisation moléculaire, des simulations numériques issues de la mécanique moléculaire, de la dynamique moléculaire ou des simulations de Monte-Carlo avec l’utilisation conjointe des outils de la bioinformatique et les résultats des biospectroscopies (spectroscopies vibrationnelles, spectroscopies optiques et/ou de RMN). Les protéines étudiées (élastine, thrombospondine, métalloprotéases et leurs inhibiteurs naturels…) sont celles de la Matrice ExtraCellulaire que l’on rencontre dans différents processus pathologiques étudiés par ailleurs dans l’UMR: l'objectif est de caractériser structuralement et de comprendre les mécanismes d’action de ces macromolécules multimodulaires de façon à permettre de nouvelles stratégies thérapeutiques et fera donc appel à une approche transdisciplinaire. Les compétences recherchées doivent s’appuyer sur une maîtrise des domaines de la biologie structurale in silico (bioinformatique, prédictions de structures, homologies, modélisation moléculaire, mécanique et dynamique moléculaire, graphisme et visualisation moléculaire…) et de la biophysique moléculaire. En complément, une expérience significative en informatique (linux, unix, programmation…) sera appréciée.

Pr Manuel Dauchez - Laboratoire de Biochimie, CNRS UMR 6198 - UFR Sciences - Tél: 03 26 91 33 20 - Mel: manuel.dauchez@univ-reims.fr

Addex Pharma is a rapidly growing Swiss based biopharmaceutical company engaged in the discovery and development of novel therapeutic compounds for the treatment of unmet medical needs. Addex Pharma S.A. is based in Plan-les-Ouates-Geneva/Switzerland.

The successful candidate will implement and drive the Computational Chemistry strategy for drug discovery projects at all stages, in order to deliver the highest standards of medicinal chemistry for the company. He/She will contribute to the broader strategy of the Chemoinformatic Unit in the field of allosteric modulation. He/she will collaborate across all discovery groups (such as Medicinal Chemistry, HTS, in vitro pharmacology, Metabolism and Pharmacokinetics (DMPK).

Qualified candidates will have a PhD in computational chemistry or molecular modeling with 2- 5 years Postdoctoral experience in computational chemistry within the pharmaceutical industry. He/she should have in-depth knowledge and expertise in more than one of the following areas: pharmacophore generation, small molecule modeling, 2D/3D QSAR, docking and scoring, virtual screening, de novo and ligand design methods, lead hopping, GPCR modeling and HTS analysis.

Demonstrated experience in applying modeling techniques to problems in the pharmaceutical industry, ranging from lead identification to optimization of compounds as preclinical candidates is essential.

A deep knowledge of fundamental molecular properties associated with all the steps of the life of a drug compound and of key molecular processes in pharmacodynamic and pharmacokinetic will also be requested.

Addex Pharma S.A. is seeking individuals with excellent communication skills who are creative, organized, enthusiastic, independent problem solver with excellent critical thinking skills and who able to work effectively in an international multidisciplinary discovery team environment.

Addex Pharma S.A. Human resources Chemin des Aulx 12 1228 Plan-les-Ouates, Switzerland Addex-HR@addexpharma.com

Computational Biology - Postdoctoral position at IBPC, Paris, France (22 février 2007)

Project description (see also http://www.shaman.ibpc.fr/fonflon_postdoc.pdf) We are seeking a highly motivated postdoc to model the flexibility of enzymatic active sites. We develop state-of-the-art computer simulation methods to study the mechanical properties of biomolecules. Using molecular dynamics or coarse grained approaches to drive these simulations, you will explore the rich potentials of enzyme systems in which mechanical elements are introduced. We also offer the opportunity to be directly involved in the experimental side of the project. The objective is to combine theoretical and experimental approaches to bring our understanding of enzymatic activity to new quantitative levels.

Qualification and experience A PhD and at least one publication in a peer review journal are required. People with theoretical or software development background interested in switching to Biology are encouraged to apply. Knowledge of molecular mechanics, elastic networks, programming skills (in particular Objective-C, Cocoa), VTK or virtual reality is an advantage. Funding is available immediately.

About the host institute The "Institut de Biologie Physico-Chimique" was created in 1930 by the Foundation Edmond de Rothschild. It is associated with the CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), a leading international scientific institution offering an exceptional environment to scientists early in their carreer.

Closing date: 30 March 2007 Interested candidates should send a CV and a letter of motivation, including the names of three referees to baaden@ibpc.fr.

When? 2 years starting Nov 2007 Where? Laboratoire de Biochimie Thorique, Paris, France Salary: 2150 Euro/month Project Leader: Marc Baaden Website: http://www.baaden.ibpc.fr

Position applications scientist, Computational Chemistry, ARIANA Pharmaceuticals, Paris, France (21 février 2007)

Background Ariana Pharmaceuticals is a Decision Support company focusing on accelerating discovery and development of novel drug therapies using its proprietary multi-parametric Knowledge Extraction and Management (KEM®) technology.

Details We are currently seeking a talented and highly motivated scientist to join the Applications Scientists group. Job responsibilities will include supporting Data Analysis and computational chemistry projects, in close collaboration with the software development team. The position is based in Paris, France.

Key skills " PhD or equivalent experience in a discipline related to data mining, Computational Chemistry or a related subject. " This position requires experience in scientific data analysis. " Experience in ADME, chemo-informatics, or machine-learning methods will be a plus " Good communication, presentation and English language skills are essential.

To apply, please send your cover letter and resume to : recruit_52 at arianapharma dot com For further information, visit our web site: http://www.arianapharma.com

Stage Post-doctoral en Modélisation Moléculaire en collaboration entre le CNRS et un laboratoire R&D de l'industrie pharmaceutique (10 décembre 2006)

Laboratoire d'accueil : Unité Mixte de Recherche 8576 du CNRS à l'université de Lille 1
Effectifs de l'équipe : 1 chercheur, 1 ingénieur de recherche CNRS, 1 doctorant.
Responsable dans l'équipe d'accueil : Dr Dragos Horvath.

Propose un stage post-doctoral pour un an à compter d'avril 2007, éventuellement renouvelable un an. Ce stage sera réalisé en collaboration avec un laboratoire R&D de l'industrie pharmaceutique.

Le stage de recherche s'intégrera dans un projet de chémo-informatique, qui se propose de concevoir et d'utiliser des outils d'algorithme génétique en logique floue pour obtenir un échantillonnage des conformations de protéines.

L'objectif principal est de déterminer des conformères pertinents de 2 protéines de la même famille, qui seront utilisés pour cribler virtuellement des collections de molécules (chimiothèques) et pour explorer les relations entre les structures des molécules et leurs activités éventuelles. Le projet de post-doc pourra impliquer l'adaptation, la conception et l'implémentation de méthodes d'algorithme génétique et de champs de force, utilisées pour la génération de conformères de protéines et leur clustérisation en familles homogènes et représentatives.

Le poste sera basé à Lille, mais il impliquera des déplacements en région parisienne pour la collaboration et la validation des modèles avec le laboratoire R&D de l'industrie pharmaceutique.

Le (la) candidat(e) intéressé(e) devra faire parvenir par courrier ou par e-mail : un CV, les résumés de sa thèse et de son éventuel stage post-doctoral précédent, ainsi qu'une liste de publications et une lettre de recommandation à :
Dragos Horvath, Université des Sciences & Technologies de Lille 1, Cité Scientifique - Bât. C9, 59655 Villeneuve D'Ascq CEDEX, tél. : +33 (03) 20 43 49 97, dragos.horvath@univ-lille1.fr

Le profil souhaité du (de la) candidat(e) est le suivant :
- doctorat en modélisation moléculaire, en chimie-physique, chimie ou en bio-informatique …
- compétences en modélisation moléculaire ou en chémo-informatique, éventuellement en programmation et en algorithme génétique, goût pour le travail en équipe et la collaboration avec l'industrie pharmaceutique.
- thèse soutenue depuis moins de 3 ans.

Postdoctoral position in molecular modelling at the University of Lille 1 (UMR 8576) – March 2007/March 2008 (4 décembre 2006)

Within the framework of the ANR (Agence Nationale de la Recherche) project Docking@Grid (Dragos Horvath, UMR 8576 – El-Ghazali Talbi, Laboratoire d’Informatique Fondamentale de Lille, Sylvaine Roy – Commissariat à l’Energie Atomique, Grenoble; http://www.agence-nationale-recherche.fr/documents/aap/projetsCIGC2005.pdf ), your mission will be to develop original docking algorithms adapted to the massively distributed computation environment GRID5000 (http://www.grid500.fr).

Under the supervision of Dragos Horvath, your work will consist in proposing, implementing and testing different conformational sampling and docking strategies, the accent being laid on bringing physico-chemical know-how into the search strategies of the conformational space, in order to complement the fundamental optimization expertise provided by our computer-scientist partners.

Expertise in chemoinformatics and modelling (Ph.D. level), including a very solid knowledge of the Unix programming environment (shell, awk, F77, C++) is required. Solid mathematical background (analytical geometry, optimization procedures) needed. Working within a heterogeneous team of computer scientists, modellers and biologists will require flexibility and pedagogical skills.

Fluency in English desirable, including paper writing skills; knowledge of French helpful.

Post-Doc - R&D Industrie Pharmaceutique - Modélisation Moléculaire (26 septembre 2006)

Sanofi-Aventis R&D, 1ème groupe pharmaceutique en France, 3ème mondial, offre 1 poste CDD (cadre post-Doc) de 18 mois (12 + 6 mois) en modélisation moléculaire, au sein de son département " Chemical-Sciences / Drug Design "

Missions : au sein du service Drug-Design, le candidat sera chargé de mettre en œuvre des techniques innovantes de dynamique moléculaire (métadynamique, ABF,…) pour - le calcul de surfaces d'énergie libre lors d'un docking ligand-proteine - la détermination de sites de binding ligands-proteines Ces études, menées en interaction directe avec les chimistes et les biologistes, porteront sur des cibles biologique d'intérêt pour la Société.

Expérience : Bonne connaissance des outils de la modélisation moléculaire et en particulier de la dynamique moléculaire (NAMD, GROMACS…) de systèmes membranaires, des calculs d'énergie libre. Une bonne connaissance du scripting est vivement souhaitée, sous un environnement Linux. Maîtrise de l'Anglais nécessaire, ce projet s'inscrit dans le cadre d'une collaboration internationales.

Lieu de Travail : Centre de recherche de Toulouse. Nature du contrat de travail : CDD Type du contrat de travail : Droit privé Salaire : 37 380 € brut annuel

Candidatures à retourner à : Dr. Jean-Philippe Rameau Sanofi-Aventis R&D 195, Route d'Espagne BP 1169 Cedex 1 31036 Toulouse Cedex e-mail : jean-philippe.rameau@sanofi-aventis.com

Thèse : Etude des interactions moléculaires entre molécules odorantes et protéines impliquées dans les prmières étapes de l'olfaction - Nice (12 septembre 2006)

L'odorat reste encore à bien des égards un sens mal connu.Cela tient notamment, mais pas seulement, à la complexité des phénomènes moléculaires qui en sont à l'origine. Les principaux protagonistes biochimiques impliqués ont été indentifiés récemment. Il s'agit des Odor Binding Proteins (OBP) et des récepteurs olfactifs (RO). Cependant, leur caractère fonctionnel reste mal établi. Notre équipe s'est engagée dans la description des interactions et des mécanismes moléculaires impliqués dans les premières étapes de la perception des odeurs.

Dans ce but, nous utilisons les techniques de modélisation moléculaire, qui permettent de représenter les interactions entre les divers intervenants d'un processus moléculaire. Ces outils s'étendent de la reconstruction tridimensionnelle de structures inconnues, à la chimie quantique, en passant par la dynamique moléculaire. L'utilisation de l'ensemble de ces approches devrait nous permettre de cerner plus précisément les aspects qui vont de la description d'une molécule odorante, jusqu'à l'activation des récepteurs situés dans les neurones olfactifs.

Profil : Master 2 R obtenu en 2006 avec mention AB minimum formation en simulation moléculaire / chimie théorique

Post-doc - Institute of Chemistry - Slovak Academy of Sciences - Dubravska cesta 9, 845 38 Brastislava - Slovak Republic (29 aôut 2006)

One postdoctoral fellowship is available at the Department of Molecular modeling of the Institute of Chemistry, Slovak Academy of Sciences, Bratislava, Slovakia, under the scientific guidance of Dr. Igor Tvaroška, as part of the Marie Curie Research Training Network (RTN) “(R)evolutionary catalysis” (REVCAT) funded by the European Commission.

Catalysis is at the heart of chemical sciences because it is the art of selectively making and breaking chemical bonds. It is for this reason that it has been a major topic in various fundamental research programs in the past, and also it has served as an important innovative technology in industry. The research efforts in the past decades generally resulted in incremental improvements, with occasional new reactions found by serendipity. The REVCAT Network plans to use Nature’s most powerful concept, evolution, as a source of inspiration to develop (r)evolutionary catalysts. The project in Bratislava is to explore the catalytic mechanism of organic and enzymatic reactions. Molecular modeling using recently emerged hybrid quantum mechanics-molecular mechanics (QM/MM) approaches will be also used to determine the structure of transition-state and to design transition state analogues. It is clear that researchers trained in the above manner and exposed to the new research concepts will tremendously increase their chance of employment in the European chemical or pharmaceutical industry.

The position is for one year (12 months) and is open to non-Slovakian candidates with nationality of either a Member or an Associated State of the European Union. The applicants must hold a PhD degree.

The gross salary is 2695 Euro/month (gross, tax and social security will be deducted). In addition, Mobility allowance: 344 euro/month (unmarried) or 550.4 euro/month (married); Travel allowances: 1 allowance every year 250.00 euro (min) – 2500.00 euro (max), depending on the distance between Bratislava and the city of origin (EC tables); Career Exploratory allowance: 2000.00 euro.

Those who wish to apply should submit their application letter via e-mail, along with a CV, two letters of recommendation, and a copy of their PhD degree, to Dr. Igor Tvaroška (e-mail address: chemitsa@savba.sk). The ideal candidates will have a strong background in molecular modeling and a good knowledge of the English language

All applications should be received in Bratislava by October 30, 2006. In line with the Commission strategic approach of promoting equal opportunities and especially in view of the need to promote the participation of women in research, women are actively encouraged to apply. The selection process will be finished on November 15, 2006. The start date of the fellowship is between December 1 and December 30, 2006.

Thèse - Institute of Chemistry - Slovak Academy of Sciences - Dubravska cesta 9, 845 38 Brastislava - Slovak Republic (29 aout 2006)

One PhD studentship is available at the Department of Molecular modeling of the Institute of Chemistry, Slovak Academy of Sciences, Bratislava, Slovakia, under the scientific guidance of Dr. Igor Tvaroška, as part of the Marie Curie Research Training Network (RTN) “(R)evolutionary catalysis” (REVCAT) funded by the European Commission.

Catalysis is at the heart of chemical sciences because it is the art of selectively making and breaking chemical bonds. It is for this reason that it has been a major topic in various fundamental research programs in the past, and also it has served as an important innovative technology in industry. The research efforts in the past decades generally resulted in incremental improvements, with occasional new reactions found by serendipity. The REVCAT Network plans to use Nature’s most powerful concept, evolution, as a source of inspiration to develop (r)evolutionary catalysts. This network will provide the ideal environment for training PhD students in the many aspects of catalysis. The students will learn the importance of catalysis in the industrial context and how to model catalysis. They will be trained in theoretical chemistry tools. They will be taught the many different types of molecular modeling methods, as well as biocatalysis and organocatalysis. The fellowship will allow for multiple secondments to the various network laboratories.

The position is for three year (36 months). The applicant should be preferably a citizen of an EU member Country (except Slovakia ) or associated state and should have acquired a University diploma giving access to doctoral studies for no more than 4 years.

The gross salary is 1751 Euro/month (gross, tax and social security will be deducted). In addition, Mobility allowance: 344 euro/month (unmarried) or 550.4 euro/month (married); Travel allowances: 1 allowance every year 250.00 euro (min) – 2500.00 euro (max), depending on the distance between Bratislava and the city of origin (EC tables); Career Exploratory allowance: 1 allowance in the three years 2000.00 euro.

All applications should be received in Bratislava by September 30, 2006. In line with the Commission strategic approach of promoting equal opportunities and especially in view of the need to promote the participation of women in research, women are actively encouraged to apply. The selection process will be finished on October 13, 2006. The start date of the fellowship is between November 1 and November 30, 2006.

Thèse "Interactions entre composés de la flaveur et macromolécules alimentaires : approche intégrée par physico-chimie et modélisation moléculaire des relations structures-affinités", INRA, Dijon (15 juin 2006)

Laboratoire d’accueil : Unité Mixte de Recherche FLAVIC INRA-ENESAD (Directrice E. Guichard), Groupe Interaction Moléculaires et Perception de la Flaveur (Responsables Ch. Salles et N. Cayot), INRA, 17 rue Sully, 21000 Dijon.

Effectifs de l’équipe : 4 chercheurs, 8 enseignants-chercheurs, 4 ingénieurs, 3 post-doctorants, 4 doctorants

Responsables de la thèse dans l'équipe d'accueil : Anne Tromelin (HDR, CR1 INRA) et Samuel Lubbers (MC ENESAD)

Le sujet proposé s’intègre à la problématique de l’UMR FLAVIC, qui vise à expliquer la perception sensorielle des aliments par des données sur leur composition en molécules volatiles, sapides, macromolécules, ainsi que sur la structure et l’organisation de la matrice alimentaire. L’approche QSPR (Quantitative Structure Properties Relationships) permet d’établir une corrélation entre une propriété observée à l’échelle macroscopique et des propriétés à l’échelle moléculaires. L’avantage de cette approche est qu’elle permet d’utiliser les propriétés de petites molécules dont la structure est connue et définie pour aborder les interactions qui existent dans les milieux plus ou moins complexes (matrices alimentaires réelles ou milieux simplifiés). Une limite est le grand nombre de données (au minimum plusieurs dizaines) que requiert la création d’un modèle, et la signification thermodynamique qui doit être attachée à la mesure de l’affinité mesurée. Pour cette raison, il est indispensable d’engager une réflexion globale sur la démarche expérimentale à retenir pour satisfaire aux conditions requises. Le but est de fournir des modèles d’abord qualitatifs puis quantitatifs explicatifs, et à terme prédictifs, ainsi que de pouvoir proposer à un utilisateur non-modélisateur une aide à la formulation.

La mise en oeuvre de la modélisation moléculaire permettra de prendre en compte les caractéristiques structurales et spatiales des molécules pour expliquer les propriétés des arômes dans les matrices et rendre compte des interactions qui s’établissent entre les petites molécules et des constituants macromoléculaires de matrices alimentaires. Il s’agira d’identifier les interactions prédominantes des constituants d’une matrice alimentaire sur des composés d’arômes et d’évaluer dans quelle mesure un milieu simplifié reflète (ou non) les propriétés observées dans un milieu complexe.

· des méthodes de détermination expérimentale des coefficients de partage entre deux phases et des outils analytiques tels que techniques chromatographiques et spectrométrie de masse

· d’un ensemble informatique de modélisation moléculaire et des concepts de l’approche QSPR.

Ce sujet s’adresse à un(e) chimiste ou biochimiste. Des notions de modélisation peuvent être utiles, mais ne sont pas obligatoires. Une grande aisance avec les outils informatiques, et surtout une bonne motivation pour la physico-chimie au niveau moléculaire sont indispensables.

Post-doc in computational physics, chemistry or biochemistry, Montréal, Québec (15 mai 2006)

In the group of Normand Mousseau and Philippe Derreumaux based at the Département de physique, Université de Montréal

A post-doctoral position for a computational physicist, chemist or biochemist is available, to be based in the group of Professor Normand Mousseau, in the Department of Physics at Université de Montréal. The post-doctoral researcher will work in collaboration with Prof. Mousseau and Professor Philippe Derreumaux of IBPC and Université de Paris VII, France. His or her task will consist in developing and applying various advanced computational techniques to the study of protein aggregation in the context of a grant from the Alzheimer Society of Canada.

The candidate should have EXTENSIVE experience with simulating atomistic systems. A significant preference will be given to candidates with computational experience on proteins or other biomolecules. For our recent work on protein folding and aggregation, please consult http://www.phys.umontreal.ca/~mousseau/.

The candidate is expected to start between July and September 2006. Interested candidates should send, by e-mail, a curriculum vitae in ASCII, PDF or postscript and a list of a least three references with phone/fax and e-mail addresses to Normand Mousseau (normand.mousseau@umontreal.ca), Département de physique, Université de Montréal, C.P. 6128, succ. centre-ville, Montréal (Québec) Canada H3C 3J7.

Review of the applications will start on April 15th and continue until a suitable candidate is found. Only applications meeting the above criteria will be acknowledged.

Poste d'Ingénieur de Recherche IR2-CNRS, France (9 mars 2006)

"Valorisation des logiciels de chimie quantique" au Laboratoire de Physique et Chimie Quantiques de Toulouse.

Date limite de depot des dossiers : 5 avril 2006 (voir site du cnrs)

Dans les mois a venir, le laboratoire de physique et chimie quantiques de Toulouse (UMR 5626, Dir. N. Halberstadt) doit recruter un ingenieur de recherche en calcul scientifique (concours externe CNRS, campagne 2006).
La mission de cet ingenieur est de "valoriser" les logiciels de chimie quantique developpes au laboratoire. Par valorisation, nous entendons les activites suivantes: - Finalisation des codes de chimie quantique ou de modelisation moleculaire developpes par les chercheurs du laboratoire
- Participation a la diffusion des codes (manuels, formation des utilisateurs, mise a disposition des codes sur le site web du laboratoire)
- Interfacage avec les grands codes internationaux de chimie quantique
- Participation au dieveloppement de banques de donnees de reference obtenues avec les codes du laboratoire
- Adaptation des codes aux differentes plateformes de calcul (portabilite)
- Optimisation des logiciels aux architectures scalaires et paralleles
- Mise en place d'un ensemble de tests ("benchmarks") pour les differents codes existants et ceux developpes au laboratoire
- Formation et transfert vers les utilisateurs (nationaux et internationaux) de codes de chimie quantique ou de modelisation moleculaire
- Developpement d'interfaces graphiques pour faciliter leur utilisation
- Maintenance et mise en place d'une "hot-line" electronique
- etc...

Afin d'assurer cette mission nous recherchons une personne qui ait une double formation en chimie quantique (niveau these) et en calcul scientifique (DEA ou plus). Une experience importante dans la conception de logiciels est indispensable. Le candidat devra connaitre et pratiquer les langages de programmation Fortran, C, C++, et langages objet, ainsi que les systemes d'exploitation Unix/Linux. Une experience en parallelisation de programmes sera fortement appreciee. De plus, la maitrise de l'anglais technique du domaine a l'ecrit comme a l'oral est evidemment necessaire. Enfin, une bonne capacite de dialogue avec les equipes de chercheurs et les utilisateurs un aspect particulierement determinant pour le choix du candidat.

Pour candidater, consulter le site du CNRS : http://www.cnrs.fr/
http://www.sg.cnrs.fr/drh/concours/ita.htm
Renseignements : Gisele.Dedieu@irsamc.ups-tlse.fr

Two Post-doctoral positions are available at the Laboratory of Analysis and Architecture of Systems (LAAS) of Toulouse, France (9 mars 2006)

The positions are within the frame of a multidisciplinary project involving four Toulouse-based partners who will share their expertise in Computer Science, Physics and Material Sciences (LAAS-CNRS), Structural Biology (INSERM and IPBS) and Biochemistry (LBB-CNRS-INSA), aiming at developing and validating new, fast and accurate computational methods for the analysis of protein interactions involving large amplitude molecular motions and structural rearrangements of proteins. The development of such new techniques taking into account the macromolecular flexibility is critical for a better structural analysis of proteins aiming to understand their functions.

The first postdoctoral fellow will be responsible for the development of the new computational methods for studying molecular motions and interactions, based on an original molecular modelling strategy recently investigated at LAAS. This strategy (see Bioinformatics, 2005, 21:116-125) relies on the combined use of efficient motion planning techniques issued from robotics research with energy-based models more classically used in molecular simulations. The interest of such combined strategy is to handle the complexity of macromolecular flexibility by exploiting the efficacy of a geometric conformational search as a filtering stage before subsequent energy refinements. The new computational methods will be integrated in the software prototype Biomove3D currently developed at LAAS.

Ideal candidates are expected to have a PhD in robotics with a research background in robot algorithms, motion planning, mechanical modelling, or a related field. Strong programming skills (C/C++) and knowledge of Linux are required. Strong interest in bioinformatics research and in interdisciplinary collaboration is also expected.

The second fellow will be in charge of conducting molecular modelling studies and applying the new computational tools to get a better understanding of the structural and functional organization of different kinds of proteins studied by the biologists partners and develop new in silico methodologies for protein engineering and drug design. Three different kinds of biological problems of interest in biotechnology, health and drug design will be addressed: understanding and predicting enzymatic enantioselectivity for engineering enzymes with better properties, understanding the interactions of membrane receptors for developing optimised ligands and studying DNA-protein interactions to develop new pharmaceutical targets.

For this position, we are seeking a highly motivated scientist who has research background and expertise in a number of areas of Computational Chemistry, including protein modelling, docking & scoring, drug design, small molecule modelling and molecular dynamics simulations. Applicants should have completed a PhD in Chemistry, Biology or related field. A biology background with chemical knowledge and a sound understanding of protein-ligand and protein-protein interactions are required. Experience with programming (C/C++) or scripting languages such as Perl or Python would be a plus. Familiarity with UNIX and Linux is expected.

Toulouse is a beautiful, dynamic and safe city situated in the South West of France, within only 1.5 hour drive from the Pyrenean Mountains and the Mediterranean Sea . Toulouse offers outstanding opportunities for culture, entertainment and outdoor activities.

Applicants should send CV, summary of previous research and contact addresses of two references to Thierry Simeon (nic@laas.fr)

Post Doc CNRS - Paris (19 janvier 2006)
Méthode d’amarrage protéine/acides nucléique prenant en compte des ajustements conformationnels de l’ADN.

Description du poste :
Le projet consiste à développer un algorithme d’amarrage de macromolécules, spécifique aux assemblages protéine-ADN et prenant en compte la flexibilité des deux partenaires. Le but est de prédire la structure tridimensionnelle de tels complexes à partir de la structure de la protéine isolée et de la séquence du fragment d’ADN. Le travail repose sur l’utilisation et le couplage d’outils méthodologiques élaborés et testés au laboratoire pour prendre en compte la flexibilité des protéines, ainsi que de logiciels dédiés à la génération contrôlée de déformations de l’ADN. Il nécessitera en outre la paramétrisation d’un modèle « gros grain » de l’ADN, compatible avec celui utilisé pour les protéines et visant à reproduire ses interactions à basse résolution. Ce travail s’inscrit dans le développement d’un logiciel plus général d’amarrage flexible de macromolécules, effectué en collaboration avec le Pr. M. Zacharias (IUB, Bremen) et comportant un volet basse résolution dans une première phase de recherche systématique rapide et un volet haute résolution pour un raffinement ciblé.

Profil du poste :
Le(la) candidat(e), devra posséder une solide expérience dans la programmation (C, fortran), appliquée à la modélisation moléculaire et/ou aux simulations numériques. Sa formation de base peut aller de la Chimie, Physique (Physique des matériaux, Physique statistique), à la Biophysique ou BioInformatique. Une bonne connaissance des propriétés des macromolécules biologiques ainsi que des algorithmes utilisés en modélisation moléculaire serait appréciée. La motivation sera un élément essentiel.

Durée : 1 an(s)

Laboratoire d'accueil
UPR 9080
Laboratoire de Biochimie Théorique
Paris

http://www.ibpc.fr/UPR9080/index_en.html

Contact :
Chantal Prévost
33 (0)1 58 41 51 71
chantal.prevost@ibpc.fr

Chemoinformatics Specialist, Merck Santé - Paris (16 janvier 2006)

Merck Santé, pharmaceutical company, Preclinical Research & Development site, Chilly-Mazarin, France

A permanent position for an experienced chemoinformatics specialist is available in the department of Bio- and Chemoinformatics, based in Merck Santé’s research center in Chilly-Mazarin, near Paris.

Applicants should have a doctoral degree and extensive, preferentially industrial experience in using chemoinformatics, computational chemistry and molecular modeling methods.

The position requires excellent social and communication skills. Very good French and English are essential. The position is part of Merck’s global bio- and chemoinformatics activities and will include regular travel, especially to the headquarters in Darmstadt, Germany.

Applications should be emailed directly to recrutement@merck.fr
Merck Santé - Service Recrutement (réf CSCM), 37 rue St Romain, 69 379 Lyon cx 08 - FRANCE.
Véronique Perrey
Tel. (33) 4 72 78 26 90

Contact for technical information:
Dr Friedrich Rippmann
Director, Bio- and Chemoinformatics
Merck KGaA, 64271 Darmstadt, Germany

Solennia, laboratoire de bioinformatique spécialisé dans le développement d’outils d’analyse de promoteur, dans le cadre d'un partenariat européen recherche :

1 bioinformaticien

Mission :
Développement d'outils bioinformatique de modélisation biomoléculaire
Principalement sur le site de son partenaire Belge
Déplacements dans toute l'Europe probable

Profil:
3ème cycle en bioinformatique (doctorat de préférence)
Expérience en bioinformatique (Génomique et Protéomique)

Expérience dans les technologies informatiques :
- de développement dans les langages suivants : C/C++, Java, Perl, PHP, HTML, SQL, C#, ASP, .NET
- des systèmes : Linux, Unix, Windows, MacOsX.
- des outils : Oracle, MySQL, Apache server, MS SQL Server et MS IIS.

Anglais impératif, autres langues souhaitées
CV en français et en anglais

Applications are invited for several postdoctoral positions starting January 2006 or later in the Department of Biochemistry & Molecular Biophysics at the University of Arizona in Tucson. The initial appointment will be for one year with reappointment for a second year by mutual agreement.

Research interests focus on three main areas:

1- Modeling of large supramolecular assemblies using coarse-grained approaches to understand large conformational changes related to the function of these molecules.

2- Physical understanding of these large conformational changes using detailed atomic molecular dynamics simulations.

3- Development and application of novel methods that integrate experimental data such as cryo-EM, FRET, SAXS for large macromolecular assemblies structure prediction.

Ideal candidates would have a strong background in computational or theoretical chemistry, biophysics, biochemistry, structural biology or related disciplines. Experience in molecular modeling and simulation of biological systems, advanced programming skills (C, Fortran, Perl), familiarity with UNIX/Linux operating system, and an interest in developing new methodologies are highly desirable but not necessary.

Applicants should submit inquiries or applications (a current CV with a publication list, description of research experience and interests, and names of three references) by email: ftama at scripps dot edu

Florence Tama

Department of Biochemistry and Molecular Biophysics

University of Arizona

Tucson, AZ

USA

http://www.scripps.edu/~ftama

Proposition de thèse financée : «Prédiction de la structure 3D des protéines à faible résolution, à partir des données de spectrométrie de masse» - Lyon - 1 aout 2005

Laboratoire
Pole de BioInformatique Lyonnais
Laboratoire de BioInformatique et RMN structurales
Institut de Biologie et Chimie des Protéines
UCBL – CNRS - UMR 5086
LYON
Description de l'équipe sur pbil.ibcp.fr

Avec le développement des projets génome et protéome, un très grand nombre de protéines sont nouvellement découvertes. Or, pour mieux comprendre leur fonction, il est nécessaire de connaître leur structure 3D. Les méthodes expérimentales (RMN et cristallographie) permettent de résoudre cette structure. Cependant, elles sont parfois longues, difficiles à mettre en œuvre et nécessitent une quantité importante de protéines. Les méthodes bio-informatiques permettent dans certains cas de prédire des modèles 3D.

1.     Objectif
Ce projet, propose une approche originale de détermination de la structure 3D des protéines en utilisant à la fois des données expérimentales issues de la spectrométrie de masse et la bio-informatique structurale des protéines. Ce projet implique une collaboration avec le « laboratoire de Spectrométrie de masse des protéines » (Eric Forest, IBS, Grenoble) pour la génération des données expérimentales et le « laboratoire des Aminoacides, Peptides et Protéines » (Jean Martinez, Faculté de Pharmacie, Montpellier) pour la synthèse d’agents chimiques pontants originaux.

2.     Faisabilité
Des essais ont déjà été réalisés montrant la faisabilité de cette méthode.

3.     Perspectives pour la thèse
Le travail de thèse doit permettre de développer et généraliser la stratégie bioinformatique. Il est encore nécessaire d’augmenter la spécificité ainsi que la sensibilité de la méthode. En particulier il sera nécessaire d’affiner la stratégie et les développements informatiques en utilisant d’autres protéines.

Par ailleurs, un autre objectif est d’améliorer la qualité du modèle grâce au développement d’un outil informatique pour générer l’alignement entre l’empreinte sélectionnée et la protéine d’intérêt.

Une autres perspective importante est d’adapter l’approche pour la prédiction des complexes multimériques. Il s’agira de modéliser les partenaires seuls, si leur structure n’est pas encore connue, puis de prédire la structure du complexe formé.

A terme, l’objectif de ce projet est de fournir aux biologistes une solution intégrée permettant de prédire rapidement et avec une faible quantité de protéine, la structure 3D de leur protéine d’intérêt. Ainsi, ce projet présente un intérêt scientifique majeur car il devrait permettre d’obtenir des structures 3D basse résolution de protéines à haut débit.

Christophe Geourjon (c.geourjon@ibcp.fr) ou Gilbert Deléage (g.deleage@ibcp.fr)

Assistant de Recherche en Modélisation moléculaire, Laboratoire Pierre Fabre, Castres (81), CDD (8 avril 2005)

Les Laboratoires Pierre Fabre emploient 9 300 collaborateurs et réalisent 1,5 Milliards d'Euros de CA, dont la moitié à l'International, à travers 130 pays.
Pierre Fabre Médicament, acteur majeur de l'industrie pharmaceutique, conçoit, produit et commercialise des médicaments dans de nombreux domaines thérapeutiques (cancérologie, psychiatrie, urologie, cardiologie…).

Sous la responsabilité du Directeur du Service informatique de Recherche et en lien quotidien avec les équipes de chimistes de Pierre Fabre Médicament, vous procédez à l'étude des relations structure-activité de toute série chimique et contribuez à améliorer l'efficacité du processus de découverte de nouveaux composés bioactifs en établissant des modèles d'activité des molécules dans leurs récepteurs.

-Analyser la diversité chimique des molécules des chimiothèques de criblage et des hits issus de criblages robotisés,
-Sélectionnez les molécules représentatives des clusters de diversité pour une confirmation d'activité,
-Proposez l'achat de molécules disponibles commercialement pour compléter l'espace chimique des chimiothèques existantes,
-Effectuez des études de docking de molécules sur des cibles moléculaires de structure 3D connue à la demande des chimistes en charge de projets,
-Réalisez les études de relation structure-activité pour le compte des divisions de Chimie Médicinale,
-Informez le Directeur du Service Informatique de Recherche des évolutions scientifiques importantes issues de la veille que vous réaliserez,
-Indiquer au Directeur du Service Informatique de Recherche les moyens et conditions nécessaires à la réalisation des projets,
-Veillez au respect des procédures qualité mises en place dans les Départements dans lesquels vous interviendrez.

-De formation supérieure (Docteur..) en modélisation moléculaire et /ou en " drug design ", vous justifiez d'une expérience minimum de 3 ans dans une fonction similaire acquise au sein de l'Industrie pharmaceutique.
-Vous maîtrisez parfaitement les outils de modélisation (de préférence les logiciels Tripos) en particulier en terme de relations structures activité et de " docking ".
-Excellente maîtrise de l'anglais

L'esprit d'équipe, le sens du service et de la confidentialité, l'écoute et la rigueur sont les clefs de réussite pour ce poste.

- de préférence en déposant votre dossier de candidature accompagné de votre CV et lettre de motivation sur notre site Web : www.pierre-fabre.com (rubrique " nos offres " dans laquelle vous retrouverez cette offre d'emploi)
- par courrier sous réf. 35/05 MM à l'attention d'Agnès ALVAREZ, DRH Pierre Fabre Médicament - ZI de La Chartreuse - 81106 Castres Cedex

Profil Recherche : L'intégration en recherche se fera au sein du laboratoire de RMN de l'UMR 6014 CNRS (" AH2B " - Asymétrie, Hétérocycles, Hétérochimie Bioorganique). L'un des axes de recherche du laboratoire concerne la détermination de structures tridimensionnelles de domaines de protéines à l'aide de données issues de la Résonance Magnétique Nucléaire (RMN). Dans ce cadre, le laboratoire est engagé dans différentes collaborations avec d'autres équipes de l'Université de Rouen, ainsi qu'avec plusieurs groupes français (Université de Caen, Université de Rennes et CEA/Saclay). L'une des étapes essentielles de la détermination de structures 3D de domaines de protéines est la définition correcte des limites du domaine étudié. En l'absence de données expérimentales, cette étape repose entièrement sur des informations issues de la prédiction des structures secondaire et tertiaire de la protéine entière. En liaison directe avec les chercheurs impliqués dans les différents projets, le candidat qui intègrera l'équipe établira des modèles qui soient de nature à guider leur travail expérimental. Il devra donc posséder des connaissances approfondies dans les domaines de l'analyse de séquences de protéines, la prédiction de structure secondaire, la modélisation moléculaire, la modélisation par homologie. Une expérience en RMN des protéines serait un plus.

Profil enseignement : Département de CHIMIE L'enseignant recruté devra participer à l'ensemble des activités pédagogiques se rapportant à la discipline CHIMIE. Le programme concerne la chimie structurale, la cristallographie et la modélisation moléculaire de Premier et Deuxième Cycles.

Le poste est proposé dans une section de spécialistes mixte 31-33. Le profil recherche pris en compte est plus en cohérence avec la section 31 et le profil enseignement est cohérent avec une commission de spécialistes mixte.

(Sr.)Scientist, Molecular Informatics, Johnson & Johnson PRD, Val de Reuil, France. (15 mars 2005)

Johnson & Johnson Pharmaceutical Research and Development, a division of Janssen-Cilag in France, is a multinational research and development company leader in Discovery and Development of new and innovative drugs in several therapeutic areas, with Research and Early Development centers in the United States and Europe (Belgium, France and Spain).

As a part of its policy to expand the modeling group, the research center of Janssen-Cilag in France is recruting a Molecular Informatics specialist. In close collaboration with Tibotec, a member of the J&J PRD family of companies, specialized in the discovery and development of therapeutics in infectious diseases, this scientist will be involved in research projects pertaining to the virology franchise.

The french site located in Val de Reuil, close to Rouen, was established in 1991 and is fully dedicated to medicinal chemistry. It has been very successful in the delivery of New Chemical Entities for Clinical Development in many areas, especially in oncology, virology and internal medecine.

We are looking for candidates for the following position:

Scientist/Senior Scientist in Molecular Informatics.

Molecular Informatics (MI) specialists are highly valued posts in the J&J PRD RED organization, Europe. We operate a front-loaded model of ligand discovery. In its ideal form this requires multifactorial and multivariate data analysis at the outset. Quality decisions are then made on compounds and compound classes throughout discovery project life cycles to select and design the best ligands for early clinical trials. Further incorporation of 3D structural information adds more information, complexity and quality to these analyses. The group in Val de Reuil has access to a variety of commercial and unique in-house software to tackle these problems. It is seen as the task of the MI specialists to operate these tools. Working in a highly integrated fashion with the Therapeutic Areas, these experts provide quality models and interpretation of project data, which results in rational and intelligent design of new ligands.

Job description:
- Construction of mathematical multivariate models of data.
- Incorporation of ADMET and genomic data to multivariate models.
- Assistance in library design for Hit id, H2L & LO phases.
- Construction of 3D models of drug-like compounds as well as biopolymers.
- Virtual screening and structure-based drug-design.
- Construction of data sets to provide clear visuals for data interpretation, SAR generation and presentation.
- Specific disease or biological target-class knowledge.
- Good understanding of medicinal chemistry principles.

Skill set required:
- PhD in chemistry or a bioscience with computational chemistry experience.
- Industrial experience in Drug Discovery projects will be an asset.
- Knowledge of at least one modeling platform and one programming language.
- A keen interest in disease or target based drug discovery.
- Ability to handle multiple projects.
- Teamwork oriented with excellent communication skills.
- Fluent English strictly required.

Interested candidates should apply by email, including a detailed CV and a statement of motivation, to Christophe Meyer (cmeyer2<_at_>prdfr.jnj.com). Alternatively, applications may be post-mailed at the following address: Dr Christophe Meyer, Centre de Recherche, JOHNSON & JOHNSON, Campus de Maigremont - B.P. 615, 27106 Val de Reuil Cedex - France.

Profil Recherche :
L'intégration en recherche se fera au sein de l'UMR INRA/INSA de Lyon « Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions » dans le but de développer l'analyse des interactions peptides / récepteurs protéiques. Plus spécifiquement, les approches conduites viseront à étudier les relations structure / activité dans les interactions protéine / protéine en abordant les problèmes conformationnels liés au repliement peptidique (aide à la synthèse chimique ou à l'expression en système hétérologue) de même que les approches de modélisation moléculaire sur ces modèles ligand peptidique / récepteur.
Dans ce cadre, l'un des projets de l'unité porte sur l'étude d'un peptide entomotoxique d'origine végétale (PA1b). Divers aspects de cette étude ont été réalisés ou sont en cours de réalisation, comme la détermination de la structure 3D, la recherche d'homologues chez différentes plantes, ou le mécanisme d'action de la toxine chez l'insecte. Le candidat retenu devra s'insérer dans cette équipe, avec pour projet l'étude des relations structure / activité de la toxine et, dans un second temps, la modélisation de l'interaction toxine / récepteur.
Les nouvelles compétences apportées par le candidat retenu concernant la modélisation et la dynamique des assemblages protéiques lui permettront d'interagir avec le groupe « Biologie des Systèmes et Modélisation Cellulaire » et avec d'autres équipes du Département Biosciences qui étudient également des modèles d'interactions protéine / protéine. Le candidat retenu pourra aussi être amené à participer à des formations internes dans ce domaine.
Les principales compétences recherchées pour ce poste concernent la maîtrise des outils de modélisation moléculaire des protéines et des interactions protéine / protéine, ainsi que des techniques de chimie et/ou biochimie des protéines. Une expérience en synthèse peptidique ou en biophysique analytique des macromolécules serait un plus. Le profil étant assez large, la candidature de personnes venant d'autres sections CNU peut être envisagée.

Profil enseignement :
Département de Premier Cycle: discipline CHIMIE
L'enseignant recruté devra participer à l"ensembles des activités pédagogiques se rapportant à la discipline CHIMIE. Le programme concerne laChimie de Premier Cycle ( atomistique, thermodynamique, Cinétique chimique ). Il aura en charge l'enseignement des TD et TP auprès des élèves de premiere ou de deuxième année. Un investissement dans les tâches collectives sera indispensable pour assurer le bon fonctionnement et l'évolution permanente des plateformes de TP.
Une forte motivation pour la mission liéee à l'enseignement est recherchée compte tenu des reflexions actuelles portant sur la rénovation de l'ensemble de la pédagogie du département de Premier Cycle.

Chemoinformatics Specialist, Merck Santé - Paris (10 février 2005)

Merck Santé, pharmaceutical company, Preclinical Research & Development site, Chilly-Mazarin, France

A permanent position for an experienced chemoinformatics specialist is available in the department of Bio- and Chemoinformatics, based in Merck Santé’s research center in Chilly-Mazarin, near Paris.

Applicants should have a doctoral degree and extensive, preferentially industrial experience in using chemoinformatics, computational chemistry and molecular modeling methods.

The position requires excellent social and communication skills. Very good French and English are essential. The position is part of Merck’s global bio- and chemoinformatics activities and will include regular travel, especially to the headquarters in Darmstadt, Germany.

Applications should be emailed directly to recrutement@merck.fr
Merck Santé - Service Recrutement (réf CSCM), 37 rue St Romain, 69 379 Lyon cx 08 - FRANCE.

Véronique Perrey

Tel. (33) 4 72 78 26 90

Contact for technical information:

Dr Friedrich Rippmann
Director, Bio- and Chemoinformatics
Merck KGaA, 64271 Darmstadt, Germany
friedrich.rippmann@merck.de
Tel. (49) 6151 72 6290

CDD (Post Doc) 12 mois – Modélisation moléculaire – Grenoble & Toulouse (1 décembre 2004)

La société Sanofi-Synthelabo propose un CDD de 12 mois de modélisation moléculaire. Le projet portera sur la prédiction d’interaction entre protéine et ligand polysaccharidique par méthode de docking, simulated annealing et dynamique moléculaire.

La localisation prévue est de 6 mois au CERMAV de Grenoble, et 6 mois au centre de recherche Sanofi-Synthelabo à Toulouse.

Le profil du candidat ou de la candidate : compétences en modélisation moléculaire et goût pour le travail en équipe et les collaborations interdisciplinaires. Connaissances de glycobiologie et/ou glycochimie appréciées.

Envoyer par mail, le plus rapidement possible CV, liste de publications et lettre(s) de recommandation a Anne Imberty (Anne.Imberty@cermav.cnrs.fr)

Tripos is a leading provider of discovery research software and services to life sciences companies worldwide.
The company is dedicated to simplifying and accelerating the discovery of new products in the pharmaceutical and related industries. Tripos offers "chemically intelligent" discovery software tools to manage, analyse and share biological and chemical information; systems integration services; diverse chemical libraries; and contract research for the identification and synthesis of new chemical compounds that are active in biological systems (www.tripos.com).

For our French (91) office we are looking for:
Computational Scientist, Post-Sales Technical Support
(5 months post to cover maternity leave- CDD)

RESPONSIBILITIES:
- Answering technical support calls, responding to technical questions from domestic and international clients and offices,
- helping customers who call with Tripos product-related problems and developing solutions,
- logging reproducible bugs and customer suggestions in company database for subsequent correction by product developers, attempting to reproduce customer reported bugs on Tripos machines,
- circulating customer suggestions and comments within Tripos to be considered for future development, participating in quality assurance activities such as usability studies, scientific software validation, and installation testing of Tripos products prior to shipment.

QUALIFICATIONS: Ph.D. or equivalent in a scientific discipline with experience in computational chemistry. Knowledge of SYBYL, UNITY, and UNIX is a plus, and experience in ligand-based design, docking, library design, or molecular diversity is desirable. This position requires excellent communication skills, both written and oral, in English, French & any other European language would be appreciated.

Please send a CV in English to Tripos Sarl, Le Mont Royal, 21 av. du Québec, Z.A. de Courtaboeuf, 91140 Villebon sur Yvette

Le Centre de Criblage pour des Molecules Bio-Actives (CMBA, CEA-Grenoble) propose un stage post-doctoral CEA, finance pour un an a compter de l'automne prochain, eventuellement renouvelable un an. Le stage de recherche s'integrera dans un projet multidisciplinaire de chemo-informatique, ACCAMBA, soutenu par l'ACI IMPBio 2004, et qui se propose de concevoir des outils d'analyse de chimiotheques et de modelisation des resultats de criblage, en faisant collaborer etroitement des biologistes, des informaticiens et des chimistes.

Le projet de postdoc se situe a l'interface entre les differentes disciplines. L'objectif principal est d'aider a la determination des descripteurs de molecules pertinents, qui seront utilises pour analyser la diversite de collections de molecules (chimiotheques) et pour explorer la relation entre les structures des molecules et leur bio-activite eventuelle a l'aide de methodes d'apprentissage. Le projet de postdoc pourra impliquer l'adaptation, la conception et l'implementation de methodes de chemo-informatique et de bio-informatique appropriees pour le calcul de descripteurs complexes. Le poste sera base a Grenoble, en liaison avec le CMBA mais il impliquera des deplacements, notamment en region parisienne, pour les collaborations avec les autres equipes.

Le profil du (de la) candidat(e) français(e) ou etranger(e) est le suivant :

- competences en modelisation moleculaire, en chemo-informatique, en biochimie, en informatique, goût prononce pour le travail en equipe et les collaborations interdisciplinaires

- sauf cas particuliers : 30 ans maximum, these soutenue depuis moins de 2 ans et preparee hors des laboratoires CEA (y compris laboratoires mixtes).

Le (la) candidat(e) interessee devra nous faire parvenir par mail, avant le 20 septembre, un CV, les resumes de sa these et de son eventuel stage postdoctoral precedent, ainsi qu'une liste de publications et 2 lettres de recommandation.

Adresse Email pour la candidature : sylvaine.roy@cea.fr

2 CDD bases de données relationnelles et du développement Web - Analyse de Protéines sur la grille EGEE - Pole de BioInformatique Lyonnais (13 mai 2004)

L'équipe de Recherche Bioinformatique et RMN Structurales (IBCP, UMR 5086 CNRS-UCBL, Lyon, http://www.ibcp.fr) recrute 2 (deux) ingénieurs informaticiens spécialistes des bases de données relationnelles et du développement Web pour une durée d'une année.

L'équipe possède une longue expérience dans le domaine de la Bioinformatique et en particulier de la Bioinformatique Structurale comme en témoigne les nombreux logiciels, méthodes, et webiciels qu'elle a développés (http://pbil.ibcp.fr). La thématique biologique principale de l'équipe est le virus de l'Hépatite C pour lequel elle a notamment développé la base nationale HCVDB (http://hepatitis.ibcp.fr). Cette base est maintenant développée au niveau européen dans le cadre du contrat HepCVax (UE FP5). L'équipe est aussi impliquée dans de nombreux projets nationaux ou européens de recherche sur les grilles de ressources informatiques distribuées (GRID computing). Enfin, l'équipe est une des équipes fondatrices du Pôle BioInformatique de Lyon (PBIL, http://pbil.univ-lyon1.fr) et du Pôle Rhône-Alpin de BioInformatique (PRABI) labelisé plate-forme RIO.

Vous êtes diplomé(e) d'une école d'ingénieurs ou avez soutenu avec succès votre thèse de doctorat dans les domaines de la Bioinformatique ou de l'Informatique. Vous avez envie de mettre en oeuvre vos compétences dans un domaine d'actualité en Bioinformatique et en Informatique. Venez travailler avec nous dans les domaines de la Génomique et de la Grille Informatique.

Le projet Européen EGEE (Enabling Grids for E-science in Europe, http://www.eu-egee.org) propose de développer une infrastructure de grille informatique de production adaptée à différents domaines applicatifs. Dans la continuité du projet European DataGrid, deux domaines applicatifs ont été identifiés avec un intérêt fort pour leur déploiement sur l'infrastructure de grille EGEE: la physique des hautes énergies et les applications biomédicales (dont la Bioinformatique, avec par exemple l'analyse de séquences de protéines). Cette proposition de poste s'inscrit dans l'activité "Applications Biomédicales" et concerne plus précisément l'adaptation et le développement d'applications bioinformatiques dans le contexte de la grille EGEE.

Le candidat devra assurer l'interface entre les développeurs du middleware et les développeurs des projets bioinformatiques européens partenaires du projet EGEE. Il devra expérimenter et comprendre le fonctionnement du middleware déployé pour aider au développement et au portage des applications bioinformatiques sur cette infrastructure. Il sera l'interlocuteur technique privilégié pour assurer le dialogue entre la communauté informatique du projet EGEE et la communauté bioinformatique. Le candidat travaillera sur la mise en place de ressources bioinformatiques sur la grille EGEE et sur leur accessibilité par les utilisateurs. Il réalisera, par exemple, l'adaptation d'applications d'analyse de séquences de protéine dans le contexte de la grille EGEE telles que: recherche de similitude et homologie, recherche de sites et signatures fonctionnelles de protéines, alignement multiple, etc.

La bioinformatique classique, exploitant une approche statistique littérale des séquences, laisse orpheline d’informations structurales et fonctionnelles entre un tiers et deux tiers des protéines codées par les génomes en raison de la forte divergence issue de l’évolution biologique sur de très longues périodes. La prise en compte des déterminants physiques fondamentaux présidant à la stabilité du repliement protéique (e.g. dichotomie micellaire hydrophobie/hydrophilie, compacité), permet à l’approche HCA (Hydrophobic Cluster Analysis) de surmonter cette forte limitation au prix d’une analyse fondée sur l’expertise humaine. De récents développements méthodologiques montrent qu’il est possible d’envisager de manière concrète un transfert partiel de cette expertise vers des procédures automatisées, permettant d’ouvrir beaucoup plus largement cet outil de décryptage très précis des séquences. C’est le développement de telles procédures, ainsi que des développements méthodologiques complémentaires, qui sont proposés dans le cadre de ce projet de recherche.

CDD post-doc - APPRENTISSAGE ET BIOINFORMATIQUE - PBIL Site de lyon-gerland (14 novembre 2003)

La bioinformatique constitue un axe de recherche multidisciplinaire à la frontière de plusieurs discipline scientifique : la biologie, l’informatique, la pharmacologie, etc … A l’aire de la postgénomique, un des challenges de la bioinformatique est la prédiction de la structure 3D d’une protéine à partir de sa séquence (enchaînement d’acide aminé).

Le projet GENOTO3D, soutenu par l’ACI « Masse de Donnée » va notamment porter ses efforts sur le développement d’approches prédictives d’interaction 3D d’acides aminés éloignés dans la séquence. Nous poursuivons ainsi des recherches que nous avons initiées dans le cadre du groupe de travail « Apprentissage et séquences » de l’AS STIC « Apprentissage et bioinformatique ».

Ce projet animé par Yann Guermeur (LORIA, Nacy) est un consortium de plusieurs équipes issues de la biologie et de l’informatique :

- Pôle de BioInformatique Lyonnais (PBIL-IBCP, UMR 5086, http://pbil.ibcp.fr), Lyon

- Modèles informatiques en biologie moléculaire (MODBIO), LORIA – UMR 7503, Nancy

- Systèmes et modèles biologiques, bioinformatique et séquences (Symbiose), IRISA / INRIA Rennes

- Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), UMR5506, Montpellier

Dans ce cadre la, notre laboratoire bénéficie d’un financement pour embaucher un post-doc informaticien pour une durée de 18 mois. Des compétences fines dans certains des domaines suivants sont souhaitées : apprentissage automatique, probabilités, statistique, programmation mathématique et combinatoire. Une sensibilité aux problème biologique est aussi la bienvenue.

Les domaines de l’apprentissage que nous explorerons de manière privilégiée sont l’apprentissage statistique, à travers la conception et la mise en œuvre de machines à noyau et de réseaux de neurones récurrents, ainsi que la théorie des automates, avec en particulier l’inférence de machines de reconnaissance probabilistes (automates probabilistes, HMMs,..). Leur mise en œuvre combinée devra en particulier permettre de prendre compte les dépendances à long terme, encore mal exploitées par les méthodes de prédiction classiques.

Les retombées attendues sont importantes, en effet des méthodes fines de prédiction de la structure tertiaire des protéines permettront une meilleure connaissance «mécanistique» des protéines. Ceci intéresse donc l’ensemble de la communauté biologique aussi bien académique qu’industrielle (en particulier l’industrie pharmaceutique). Du point de vue informatique, il est clair que les méthodes développées devraient donner naissance à des outils largement utiles à des domaines de traitement intensif de séquences comme le traitement de textes en langage naturel. Le domaine de l’apprentissage automatique a toujours fortement bénéficié de l’analyse systématique et approfondie d’applications spécifiques.

POSTE CDD (Cadre post-doc) - R&D Industrie Pharmaceutique - Diversité / Modélisation moléculaire (CHEmogenomics) (28 juillet 2003)

Sanofi-Synthélabo Recherche, 2ème groupe pharmaceutique en France, offre 1 poste CDD (cadre post-Doc) de 18 mois (12 + 6 mois) en Chem-Informatique, au sein de son département de : recherche exploratoire. Ce département se consacre à la découverte de nouveaux médicaments et regroupe des activités de recherche en chimie et en biologie.

Missions : au sein du service chimie-informatique et biologie structurale, en collaboration directe avec les chimistes, et les biologistes dans un projet de « chemogenomics », la personne recrutée s.attachera à établir le lien entre des familles de cibles biologiques et des familles de structures chimiques se liant sur ces cibles. Cette étude se basera sur l'exploitation de notre patrimoine chimique et biologique pour annoter des bases chimiques et concevoir des chimiothèques focalisées dans une optique de criblage biologique et virtuel.

Qualifications demandées : doctorat en chimie / biochimie spécialité modélisation moléculaire avec une compétence en informatique.

Expérience : Bonne maîtrise des environnements UNIX, MS-Window et des langages de scripting (SH/KSH/CHS, PERL.). Bonne connaissance des outils standard de modélisation moléculaire et/ou diversité moléculaire (TRIPOS) et des outils d.alignement de séquence . Une expérience en analyse de données et/ou statistiques serait un plus.

Vous assurez la direction opérationnelle et stratégique de l'activité de modélisation moléculaire, en relation avec des équipes pluridisciplinaires (chimistes, informaticiens, biologistes) et internationales. Garant de la bonne réalisation de projets stratégiques et innovants, vous avez la responsabilité de maintenir l'excellence scientifique et technologique de votre groupe. Tout à la fois excellent manager et bon communicant, vous devrez renforcer la compétitivité de votre groupe, et participer au développement de notre notoriété.

Poste IR bioinformaticien en mobilité Gif-sur-Yvette (15 mai 2003)

Un poste d'Ingénieur de Recherche en bioinformatique (Ingénieur expert en développement d'applications) est ouvert dans l'UMR de génétique végétale du Moulon à Gif-sur-Yvette au titre de la campagne Noemi 2003 du CNRS.

Il s'agit d'un poste ouvert à la modilité CNRS, mais qui est également ouvert à des personnes issues d'autres organismes publiques sous certaines conditions.

L’ingénieur travaillera au sein de la plate-forme de protéomique de l’UMR de Génétique Végétale du Moulon, dont plusieurs équipes sont impliquées de longue date dans les analyses de protéomique. Cette structure est par ailleurs « plate-forme technique l’IFR 87 « la Plante et son Environnement ».

Il sera épaulé par les autres bioinformaticiens de l’UMR avec lesquels il sera amené à collaborer.

Postdoc INRA - Jouy en Josas - France (12 mars 2003)

Notre unité, en collaboration avec l'unité Neurobiologie de l'Olfaction et de la Prise Alimentaire (NOPA) (également située sur le centre de recherche de Jouy-en-Josas) propose un sujet de post-doctorat ayant trait à la modélisation moléculaire de récepteurs olfactifs (qui sont des récepteurs à 7 segments transmembranaires couplés aux protéines G). Brièvement, il s'agit de modéliser certains récepteurs olfactifs d'intérêt pour l'unité NOPA et de tester la fixation de familles d'odorants sur ces récepteurs par des techniques d'amarrage moléculaire (docking). Les ligands potentiels seront ensuite testés expérimentalement.

Postdoc position at Johnson & Johnson - France (11 mars 2003)

Johnson & Johnson Pharmaceutical Research & Development, Val de Reuil, France

As part of our expanding commitment to virtual screening in drug discovery, we are seeking a postdosctoral fellow to work in this area. The project will be conducted at the J&J PRD research center in Val de Reuil (Rouen area) under the supervision of Dr Christophe Meyer in charge of the CADD activity.

Applicants should have a doctoral degree and previous experience in using computational chemistry methods. Applicants are expected to have a knowledge of the UNIX operating system as well as programming skills.

The position requires good communication skills. The appointee will evolve in the J&J international environment including contacts and/or occasional travels in Belgium and the United States. Consequently, a good knowledge of english is strictly required.

Applications should contain: a statement of motivation and summary of training and experience; CV and publications list; and names and contact details of 3 referees. Applications should be emailed directly to cmeyer2@prdfr.jnj.com or post-mailed at the hereunder given address.

Appointment will be on a contract for 2 years with a possible extension of one year.

Further information can be obtained from:

Dr Christophe Meyer
Centre de recherche
JOHNSON & JOHNSON
Campus de Maigremont - B.P. 615
27106 Val de Reuil Cedex - France
Tel. (33) 2 32 61 74 60

1 Poste de Maître de conférence - Université Lyon 1 (10 mars 2003)

Un poste de Maitre de conférences est ouvert à l'Université Claude Bernard Lyon1 en section 64 avec un profil intitulé "Bioinformatique moléculaire et structurale" - MC 0824 - 64ème section

Le dossiers de candidature à envoyer au chef de l'établissement, au plus tard le 21 mars 2003

N° du Poste : 0425 S Section : 64 Discipline: Biochimie Corps : MCF

UFR : Sciences de la Vie
Profil particulier : Biochimie et Bio-informatique

Profil enseignement :
Participation à l'enseignement pratique et dirigé de biochimie générale du DEUG SVT.Enseignement de biochimie/biologie moléculaire de la licence de Biochimie. Implication dans l'enseignement de bio-informatique, protéomique et modélisation de la Maîtrise de Biochimie. Autres enseignements: DESS de Génie Biochimique.

Argumentaire :
Compétences souhaitées ou à développer : Biochimie des protéines, protéomique fonctionnelle. Etude des interactions moléculaires par méthodes génétiques ou autres; bioséquences. Production de protéines recombinantes.

Profil recherche
Le Maître de Conférence viendra étoffer la sous-équipe Biochimie fonctionnelle des peroxysomes (Resp. Pr. M. Cherkaoui Malki). Ses travaux pourront se dérouler en relation avec la future plate-forme protéomique du SERCOBIO (SERvice Commun de BIOlogie de l'Université)

Laboratoire de rattachement :
UPRES-EA 2978-GDR CNRS 2583, LBMC (Laboratoire de Biologie Moléculaire et Cellulaire), Responsable Prof. Norbert Latruffe
L'Unité est affiliée à l'IFR n°92 Qualité des Aliments et travaille sur le rôle cellulaire des peroxysomes et leur régulation par les nutriments.

Contact enseignement :
M. Yves JASSEY Directeur UFR Sciences de la Vie
Téléphone : 03 80 39 62 76 Fax : 03 80 39 38 25
E-Mail : Yves.Jassey@u-bourgogne.fr

Contact recherche :
Pr. Mustapha Cherkaoui-Malki : Tél : 03 80 39 62 39 , E-mail: malki@u-bourgogne.fr
Et Pr. Norbert LATRUFFE Directeur du LBMC
Tél. : 03 80 39 62 36 ; Fax : 03 80 39 62 50
E-Mail : latruffe@u-bourgogne.fr

BIOINFORMATICS RESEARCH SCIENTIST - SANOFI-SYNTHELABO RECHERCHE (15 janvier 2003)

Applicants will be involved in sequence analysis with a strong emphasis on genome and proteome data mining and the developing of application pipelines for gene discovery, to identify potentially new and innovative drug targets in both public and proprietary genomic databases. She/he should also be able to participate in projects concerning other computational biology systems (transcriptome analysis of microarray chips, proteomics analysis by 2D gel electrophoresis, protein characterization by mass-spectroscopy fingerprinting, etc.) as well as in projects integrating data coming from all the bioinformatics systems.

The ideal candidate will have a Ph.D in bioinformatics, computational biology or related area. She/he should have a strong experience in conceiving sequence analysis pipelines and in using state of the art sequence analysis tools and software packages. Solid knowledge of molecular biology, biochemistry and metabolic pathways is required, as well as strong programming skills and background in computing science (Unix, Perl/CGI, HTML, Java, C/C++, SQL, Oracle)

Postdoc / ingénieur Génomique et GRID (28 octobre 2002)

La Génomique doit faire face à des quantités de données de plus en plus importantes produites par les différents programmes d'acquisition de connaissances à grande échelle: séquençages de génomes complets, protéomique à grande échelle, etc. L'analyse de ces données demande des ressources informatiques très importantes et difficiles à mettre en oeuvre à l'heure actuelle au sein d'un laboratoire. Le « grid computing », ou Grille de Ressources Informatiques Distribuées - GRID, permettra à terme de répondre efficacement à ces nouveaux besoins de la Génomique à grande échelle. Ce domaine de recherche en Informatique est actuellement en plein développement au travers de différents projets comme DataGRID, EuroGRID, DataTag, ACI GRID, e-Toile,...

Vous travaillerez à l'adaptation et au développement d'algorithmes bioinformatiques de recherche de sites et signatures fonctionnelles de protéines dans un contexte de grille informatique . La recherche de sites protéiques est utilisée pour la compréhension des génomes, l'annotation des banques biologiques internationales, etc. Vous aurez, notamment, accès à la grille expérimentale française e-Toile sur le réseau VTHD à très haut-débit (2 Gbps).

HEAD OF MOLECULAR MODELLING - CENTRAL France (5 aout 2002)

A private, medium size, fully integrated R&D pharmaceuticals company established over a century ago with a strong presence and pipeline of compounds in therapy areas including cardiovascular, lipids and inflammation.

This is a new role within the company, heading up a sizeable team based within the IT department but fully integrated in and supporting discovery research through working intimately with bioinformatics, chemistry and biology. Excellent remuneration package

The nature of the role demands the skills set of an experienced, confident professional with strong interpersonal skills and management background, whose credentials closely match the following parameters:

This role presents an excellent opportunity for a specialist in computational chemistry to work within a medium size organisation with minimal bureaucracy where, leading a sizeable team, he/she can have a profound influence on the strategy and operations within drug discovery.

Modélisation et évaluation d'algorithmes bioinformatiques dans un contexte de Grilles Informatiques (GRID)

Vous êtes diplomé(e) d'un DEA dans les domaines de la Bioinformatique ou de l'Informatique, et vous avez envie de compléter vos compétences dans un domaine d'actualité en Informatique et en Bioinformatique. Venez travailler avec nous dans le domaine du « grid computing » et de la Post-Génomique.

Vous travaillerez à la modélisation et à l'évaluation d'algorithmes bioinformatiques dans un contexte de grille informatique – GRID, avec comme première application les algorithmes développés dans le cadre du projet GriPPS. La Génomique doit faire face à des quantités de données de plus en plus importantes produites par les différents programmes d'acquisition à grande échelle: séquençages de génomes complets, protéomiques à grande échelle, ... L'analyse de ces données demande des ressources informatiques très importantes et difficiles à mettre en oeuvre à l'heure actuelle au sein d'un laboratoire. Le « grid computing », ou Grille de Ressources Informatiques

Distribuées, permettra à terme de répondre efficacement à ces nouveaux besoins de la Génomique à grande échelle. Ce domaine de recherche en Informatique est actuellement en plein développement au travers de différents projets comme DataGRID, EuroGRID, DataTag, ACI GRID, e-Toile,...

Dans le cadre du projet GriPPS à la frontière de la Bioinformatique et de l'Informatique, nous proposons un sujet de thèse dont l'objectif est de définir des modèles permettant d'évaluer et de prédire le comportement d'un algorithme bioinformatique dans un contexte de grilles informatiques. Le projet GriPPS est soutenu par l'ACI GRID 2002 du Ministère de la Recherche. Cette thèse s'intégrera au sein de nos autres développements de Grille pour la Génomique au sein des projets DataGRID et e-Toile.

- Des connaissances des algorithmes standards de la bioinformatique moléculaire seraient un plus.

Lieu: Lyon, France, Pôle BioInformatique de Lyon - PBIL, IBCP - CNRS UMR 5086, 7 passage du Vercors, 69367 Lyon Cedex 07

- Christophe Blanchet, Laboratoire de Bioinformatique et Rmn Structurales Pôle BioInformatique de Lyon

1 poste de Bio-Informaticien, 1 poste modelisation statistique et 1 poste Interface Graphique - Canton de vaud - Suisse - (23 avril 2002)

Computer Science MANTEIA Predictive Medicine

Successful achievement of our core technology, permitting massively parallel DNA amplification and sequencing, will enable us to rapidly
perfect and greatly expand the worldwide market for revolutionary genetic-based tests to predict individualized drug response and disease
susceptibility.

To carry out our project, we are seeking highly motivated computer scientists in particular in Bioinformatic, Statistical Modeling and
Graphic Interface.

For positions in Bioinformatic, we need hands on experience in public and private database management, bioinformatic algorithm development and
data annotations. Specialists in database management should have an excellent knowledge in the most commonly used data format. Application
developer in bioinformatic algorithm should be familiar with regular programming languages and a reasonable knowledge in development
constrain. Experts in data annotations should feel comfortable to link raw and new data with pertinent information in a timely manner with
optimized methodology. At least two years industrial or post-doctoral experience in the field are required, expertise in C++, GUI, Tcl/Tk,
Perl, Java, Windows and Linux are a plus.

For positions in Statistical Modeling, we need hands on experience in computer science with extensive knowledge in analysis and modeling for
large data set in physics or biology. Applicants should be familiar with different algorithms (e.g. Clustering, Markov Models, ...) and high
computation processes. Specialists should be able to manage not only accuracy constrain but also time constrain. Development realized for a
commercial application will be highly viewed. Knowledge in industrial software development, life cycle, testing process and problems
management are greatly appreciated. At least two years industrial or post-doctoral experience in the field is required, expertise in C++ is
required, GUI, Tcl/Tk, Perl, Java, Windows and Linux are a plus.

For positions in Graphic Interface, we need hands on experience in computer science with extensive knowledge in Graphic User Interface
programming. Applicants should be aware of different visualization techniques and if possible ergonomics. Development realized for a
commercial application will be highly viewed. Knowledge in industrial software development, life cycle, testing process and problems
management are greatly appreciated. At least two years industrial or post-doctoral experience in the field is required, expertise in C++ and
GUI is required, Tcl/Tk, Perl, Java, Qt, Windows and Linux are a plus.

The successful candidates should be problem-solving, results-oriented, dynamic with drive and determination and have excellent social
competence and communication skills.

Compensation package is highly competitive - including stock options - and will be consistent with the level of experience of the candidate.

These positions provide an unrivalled opportunity to play a significant role in this high profile R&D area and if you feel that this is just
made for you, please enquire and send your CV, preferably by e-mail, to :
jobs@manteia.com or to the Human Resources Department, MANTEIA S.A., Zone Industrielle, 1267 Coinsins, Vaud, Switzerland.

MANTEIA is a spin-off from SERONO active in the genomics field. It was incorporated in Switzerland in November 2000. MANTEIA is privately held
and currently has 40+ employees working in its premises, an R&D facility, located in Coinsins, in the Vaud canton outside Geneva

Société fondée en 1999 et basée à Strasbourg, leader dans la découverte et le développement de dérivés médicaux, issus de la biologie des insectes, recherche son :

Véritable référent en matière de logiciels informatiques dédiés à la Biologie, vous travaillez en étroite collaboration avec notre service de recherche en apportant une aide efficace en matière d'organisation et de rationalisation des axes de recherche; ainsi qu'une expertise dans le développement de nouveaux outils informatiques et dans l'analyse des résultats.

De formation supérieure scientifique avec une spécialisation en Bio-Informatique, vous avez une expérience d'au moins 3 ans dans le secteur du médicament, vous possédez des qualités relationnelles, le sens du service et des compétences en gestion de projets. L'anglais courant est indispensable.

Merci d’adresser votre dossier de candidature (lettre, CV, photo) sous la référence 311 - MANAGING, 2, Avenue Roger Salengro, 68100 MULHOUSE. E-mail : D.Weill@Managing.fr.

Société :
Groupe FOURNIER, 4400 personnes "De la pharmacie à la chimie fine, de l’adhésif chirurgical à l’industriel et grand public : la force d’un groupe international", 689 millions d’Euros de CA

Le département Recherche des laboratoires FOURNIER recrute un spécialiste en modélisation moléculaire. Travaillant au sein du groupe «Information Technology », il/elle aura en charge de mettre en place et de diriger une équipe impliquée dans le screening virtuel, le QSAR, la génération de pharmacophore, la modélisation de protéines et la bioinformatique, en étroite collaboration avec les autres équipes du département et particulièrement la chemoinformatique.

Profil :
Chimiste ou biochimiste de formation, le candidat aura préférentiellement un doctorat en modélisation moléculaire et si possible une expérience post-doctorale. La pratique de logiciels de modélisation moléculaire et de chemoinformatique commerciaux (Accelrys, MDL) est recommandée. Une bonne aptitude à la communication, au travail en équipe et au moins trois ans d’expérience dans l’industrie pharmaceutique à un poste similaire sont fortement souhaités. La connaissance de l’anglais est également indispensable.

Contact :
Jacques ROBIN
Responsable IT
Laboratoires FOURNIER
Centre de Recherches
50, rue de Dijon
21121 Daix
Tél 03 80 44 76 56
Fax 03 80 44 76 53
E-mail : j.robin@fournier.fr

Bio/Chemo Informatics and Data Base Project Manager - Strasbourg (11 mars 2002)

The position of Bio/Chemo Informatics and Data Base Project Manager will be based at the company's main facility in Strasbourg Urban Community, France and reports directly to the Scientific Director. The prime responsibility for this position will be to play a key role in the conception and the implementation of projects pertaining to the analysis of insect derived information including gene & protein sequence as well as small chemical entities.

Specific responsibilities of the position include:

Clinigenetics société pharmaceutique recrute pour le département de bioinformatique un ingénieur spécialisé dans l'implémentation et la gestion des bases de données biologiques.
Le titulaire sera responsable de la mise en oeuvre d'une base de données en collaboration avec une SSII spécialisée dans le domaine. Il sera également impliqué dans différents projets bioinformatiques, pour cela des connaissances en statistiques seraient un plus.

Profil du candidat
-Système d'exploitation : Unix, Linux et Windows
-Programmation / Langages : Java, PHP, Perl, CGI, HTML, XML ...
-Base de données relationnelles (SQL, Oracle)
-Bonnes connaissances en biologie et/ou en statistiques
-Administration de système
-Anglais courant indispensable
-Formation minimum Bac +5
-Au moins un an d'expérience professionnelle souhaitée

Qualités requises pour le poste
Sens de l'organisation, créativité et capacité à s'intégrer et à travailler en équipe

Merci de renvoyer une lettre de motivation et un CV à :
Nora Benhabilès
Société Clinigenetics
1105, avenue Pierre Mendès-France
30 000 Nîmes
Tel : 04 66 70 99 10
E-mail : n.benhabiles@clinigenetics.com

Au sein d'une équipe jeune et motivée, vous participez à la croissance de cette activité. A l'écoute de nos clients, vous êtes en charge de l'adéquation entre les besoins des utilisateurs et les solutions informatiques préconisées. A 25-30 ans environ, de formation supérieure en biologie vous vous êtes spécialisé(e) en informatique/bioinformatique : intégration d'applications, conception/exploitation de BD, interfaçage web, langages : C, Perl, SQL, environnements : UNIX, NT4, maîtrise des outils bioinformatiques (la connaissance du package GCG serait un plus)

Société de biotechnologie française de dimension internationale (France et Us) spécialisée dans le développement de technologies innovantes dans le domaine de la découverte de médicaments, leader Européen dans son secteur recherche dans le cadre de son expansion un

Type de contrat : CDI
Date de prise de fonction : dès que possible
Lieu : Rueil Malmaison (92)

MISSIONS :
Rattaché(e) au Directeur de la Modélisation Moléculaire qu’il/elle supplée dans les domaines expérimentaux et techniques, il/elle contribuera à améliorer l’efficacité du processus de découverte de nouveaux composés bioactifs en établissant des modèles statistiques et de modélisation moléculaire qui soient de nature à guider le travail expérimental des équipes de Chimie (chimie combinatoire et médicinale).

Ses principales missions seront:
- appliquer et améliorer les outils de modélisation et d’analyse statistique déjà existants,
- développer de nouveaux outils de modélisation et d’analyse prédictive des relations structure – activité,
- Assister les chimistes, biochimistes et biologistes à l’utilisation de ces modèles,
- Effectuer des études, publications et présentations répondant aux besoins des partenaires potentiels et clients…

PROFIL :
Formation : Titulaire d'un doctorat de préférence en Modélisation moléculaire .
Le candidat aura si possible des compétences dans le domaine des mathématiques et/ou des statistiques ou de l’informatique appliquées à la Chimie.
Expérience : Expérience de 3 à 5 ans minimum de la fonction dans le milieu de la recherche pharmaceutique ou équivalent exigée. Des connaissances en pharmacologie seraient un plus.
Compétences techniques : Bonne maîtrise de la programmation informatique (langage C et/ou Fortran ; Unix et shell Unix ; langages de programmation orientée objet tel java ; autre : Html ) et des outils informatiques de Modélisation Moléculaire impératives (MSI). La connaissance d'un SGBD (Oracle etc) serait un plus.
Langues : Pratique courante du Français et de l'anglais exigée.
Age : 35 ans environ
Qualités relationnelles : Autonome et rigoureux, il est passionné par son métier, et créatif le candidat est capable de résoudre rapidement les problèmes scientifiques complexes et il a un goût affirmé et une aptitude à la communication scientifique (interne et externe).
Rémunération : 20 à 25 kf bruts mensuel (voire plus selon profil) + avantages.

Adresser CV, lettre de motivation et prétentions à :
CEREP / DRH
Le bois L’Evêque/ BP 1
86 600 CELLE L’EVESCAULT
E-mail : ressources.humaines@cerep.fr

La société SYNT:EM propose un poste à pourvoir immédiatement dans l'équipe de modélisation de Synt:em à Nîmes. Nous recherchons un profil de chemométricien(ne), ayant une bonne connaissance de techniques telles que PLS, d-optimal design, GA et réseaux de neurones. Le/la candidat(e) aura de préférence des bases en biologie et/ou en chimie. Un bon niveau en anglais est recommandé. La maîtrise de langages de programmation sera un plus (C, C++, gawk, SPL).

Les qualités personnelles que le/la candidat(e) devra montrer sont l'ouverture d'esprit, l'imagination, l'esprit d'initiative et la capacité à travailler au sein d'équipes pluridisciplinaires (modélisateurs, chimistes, biologistes, pharmacologues).

Merci de faire parvenir vos candidatures avec CV par courrier ou email à Roger Lahana :
Dr Roger Lahana
Vice-President R&D
Synt:em
Computational Drug Discovery
Parc Scientifique G.Besse
30000 Nimes
email: rlahana@syntem.com
Tel: +33 (0)466 048 668 (Direct)
Fax: +33 (0)466 048 667

Titre :
BioInformaticiens programmeurs pour RhoBio, Société de génomique végétale située dans le cadre du Génopôle d'Évry (91).

Missions :
Au sein d'un département bioinformatique, sur des serveurs Unix (Sun/Compaq), vous aurez à charge le développement d'outils nécessaires à une exploitation optimale des données biologiques provenant de multiples technologies ; séquences d'ADN et de protéines, données d'expression, données de cartographie, synténie, ... Il vous faudra modéliser ces données aux formats multiples, mettre en relations différentes bases de données et développer des représentations graphiques.

En interaction permanente avec les biologistes impliqués à la fois dans des programmes de recherche en génomique et dans la mise en place de technologies de pointe, vous participerez à la découverte de gènes nouveaux susceptibles d'être valorisés par RhoBio et ses partenaires de Génoplante. Ce poste à l'interface de plusieurs disciplines et de plusieurs sites au sein de RhoBio et Génoplante , nécessite un réel esprit d'analyse, une bonne maîtrise de la langue anglaise, une grande réactivité, des capacités d'adaptation et un esprit de service auprès des utilisateurs.

Formation :
· BAC + 5 ou niveau équivalent acquis par expérience - Double compétence souhaitée (Biologie Informatique ou Chimie Informatique, ...)
Connaissances dans un des domaines de Biologie seraient un plus.
Connaissances du domaine végétal bienvenues, mais pas indispensables.
Langages de programmation en Bioinformatique (Unix, Perl, C, Java, HTML, SQL, XML, PHP...)
Langues étrangères (Anglais indispensable)

Expérience :
2 à 3 ans d'expérience de développement d'outils (bio)informatiques (de préférence sous Unix) dans un environnement applicatif scientifique.
Un bon degré d'autonomie est nécessaire.

Candidature à adresser à :
Evelyne James
Director Bio-Informatics Evry
Aventis CropScience / RhoBio
89, rue Henri Rochefort
91025 Evry Cedex, France
Tel: 33 (0) 1 60 87 35 50
E-mail: evelyne.james@aventis.com

Dr James Sherifi	Boris Bouqueniaux
Tel: +44 (0) 1223 235333	Tel: +44 (0) 1223 209509 (Direct)
Fax: +44 (0) 1223 209519	Fax: +44 (0) 1223 209519
jamessherifi@euromedica.com	borisbouqueniaux@euromedica.com