Représentation graphique de l'UDP-glucose et de ses degrés de liberté.
Pavla Petrova(1,2), Jaroslav Koca1 et Anne Imberty(2)
(1) Laboratory of Biomolecular Structure and Dynamics,Masaryk University,
611 37 Brno, République Tchèque
(2) CERMAV-CNRS, BP 53, F-38041 Grenoble cedex 9, France.
Les glycosylesters des nucléoside di- ou monophosphates, généralement appelés nucléotide-sucres, servent de donneur de sucre au cours de la biosynthèse des oligo- et polysaccharides. Ces molécules jouent donc un rôle important dans le métabolisme des glucides dans le monde vivant. Afin de modéliser le comportement de ces molécules et leur interaction avec les glycosyltransférases, il est nécessaire de disposer d'un champ de force avec une paramétrisation appropriée.
Représentation graphique de l'UDP-glucose et de ses degrés de liberté.
La paramétrisation pour la liaison sucre-phosphate ainsi que pour le fragment pyrophosphate est proposée ici pour le champ de force AMBER. Les barrières de rotation pour les angles de torsion ? et ????? ont été déterminées par calcul ab-initio. Les comportements conformationnels de L'UDP-glucose et du GDP-fucose ont été ensuite caractérisés en utilisant le programme CICADA qui permet l'exploration d'espaces conformationnels complexes [1]. Plusieurs familles conformationnelles ont été prédites et les résultats sont comparés avec les données expérimentales provenant de la cristallographie [2] ou de la RMN.
1. Koca, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1994, 308, 13-24.
2. Sugawara, Y; Iwasaki, H. Acta Crystallogr. 1984, C40, 389-393.
