Blanchet C., Combet C., Geourjon C. et Deléage G.
Pôle de Bio-Informatique Lyonnais, IBCP, 7 passage du Vercors, 69 367 Lyon
E-mail : c.blanchet@ibcp.fr - Web : http://www.ibcp.fr/mpsa

L’analyse de séquences de protéine nécessite, aujourd’hui plus que jamais avec tous les résultats amenés par les "grands programmes génome", une gestion de banques de données de plus en plus grandes et la mise en oeuvre de méthodes de plus en plus complexes. MPSA (Multiple Protein Sequence Analysis) apporte une solution logicielle performante à cette complexification de l’analyse de séquence en intègrant de nombreuses méthodes. Il propose de plus une interface graphique et conviviale au paramétrage de ces méthodes, à leur collaboration et à l’affichage de leurs résultats. Ce logiciel fonctionne soit en mode ‘isolé’, i.e. sur un ordinateur (Macintosh, PC, UNIX, Linux) non relié au réseau, soit en mode ‘connecté’ via Internet au PBIL (Pôle de Bio-Informatique Lyonnais, “http://pbil.ibcp.fr”). En effet MPSA intègre de nombreuses méthodes d’analyse de séquences de protéine telles que: (i) recherche de sites et signatures fonctionnelles (ProScan), (ii) recherche de protéines homologues (FASTA, BLAST, PSI-BLAST, etc.) ou de similarité (PattInProt) dans les grandes bases de données mondiales (SWISS-PROT, TrEMBL, PIR, nr, PDB, etc.), (iii) alignement multiple (Clustal W, Multalin), (iv) prédiction de structure secondaire suivant différents algorithmes (GOR, SOPMA, MLR, PREDATOR, etc.), (v) prédiction de caractéristiques physico-chimiques, (...). MPSA gère la collaboration de ces différentes méthodes: le biologiste n’a alors à se soucier que de la signification biologique des données sur lesquelles il travaille. Il permet de réaliser des analyses sur des jeux importants de données (plusieurs centaines de séquences) ainsi qu'un couplage complet entre les différentes méthodes d'analyses. Ainsi le biologiste peut consulter des banques de données mise à jour quotidiennement et utiliser les algorithmes que nous développons (ProScan, SOPMA, MLR, etc.) ou que nous hébergeons (FASTA, BLAST, etc.). Le tout sans avoir à se soucier de la version des logiciels ou du format des données à traiter, MPSA se charge de régler tous ces petits désagréments.

MPSA a été testé sur des Macintosh, sur des PC, sur des stations de travail utilisant UNIX (Silicon Graphics, IBM et SUN) et sur des ordinateurs de bureau utilisant LINUX. Il est disponible via Internet à l’adresse “http://www.ibcp.fr/mpsa”, ou par ftp anonyme à l’adresse “ftp://ftp.ibcp.fr/pub/mpsa”.