Rula Zain, David Polverari
(UMR176 CNRS), Institut Curie
(INSERM U201) Laboratoire de Biophysique du Muséum National d’Histoire Naturelle

 Récemment, il a été montré qu'un intercalant, le benzoquinoquinoxaline, couplé à un agent de coupure (l'EDTA-Fe) permettait de couper spécifiquement une triple-hélice d'ADN. Afin de mieux comprendre l'interaction de ce prototype de " nucléase artificielle " avec l'ADN, une approche de modélisation moléculaire a été réalisée.
 
 Dans la première partie de ce travail un protocole a été mis au point pour modéliser les interactions entre ADN (double- et triple-brins) et les intercalants spécifiques des triple-hélices d'ADN dans le logiciel JUMNA.
 
 La deuxième partie de ce travail a consisté à  modéliser le complexe BQQ-EDTA / triplexe. La comparaison de ce modèle avec celui du BQQ a montré que le couplage du BQQ à l'EDTA-Fe(II) conduisait à une légère perte de spécificité pour les triple-hélices d'ADN probablement due à l'élimination d'une amine protonée sur le bras de liaison du BQQ à l'EDTA.
 
 La modélisation de plusieurs nouveaux dérivés du BQQ-EDTA a confirmé dans la troisième partie de cette étude que l'ajout d'une amine protonée devrait augmenter la spécificité de ce ligand pour les triple-hélices d'ADN.