Manuel Ruiz(1),Véronique Giudicelli(1), Gérard Mennessier(2), Denys Chaume(1) et Marie-Paule Lefranc(1)
(1) Laboratoire d’ImmunoGénétique Moléculaire, LIGM, UPR CNRS 1142, IGH, 141 rue de la Cardonille, 34396 Montpellier Cedex 5, lefranc@ligm.igh.cnrs.fr; (2) UMR 5825 CNRS, Université Montpellier II

IMGT (http://imgt.cnusc.fr:8104), ImMunoGeneTics database, est la première base de données intégrée et internationale en immunogénétique, créée par Marie-Paule Lefranc en 1989, à l'Université Montpellier II, CNRS. IMGT propose et développe l'accès à toutes les séquences nucléotidiques et protéiques, cartes génomiques, amorces oligonucléotidiques et données génétiques des immunoglobulines (Ig), récepteurs T (T cell antigen Receptor ou TcR) et molécules du Complexe Majeur d'Histocompatibilité (CMH). Ces molécules impliquées dans la reconnaissance des antigènes sont des éléments clés de la réponse immunitaire. IMGT fournit une expertise des séquences et propose l'inventaire de tous les gènes d'Ig et de TcR décrits de manière standardisée. Un logiciel d'alignement, IMGT/DNAPLOT permet l'identification des gènes variables des séquences réarrangées des Ig et TcR. Une étape clé du développement de IMGT a été l'établissement de la numérotation unique IMGT qui permet, pour la première fois, une comparaison standardisée entre séquences codant les régions variables des chaînes lourdes et légères (kappa ou lambda) des Ig, et des chaînes alpha, beta, gamma ou delta des TcR.

 Les développements de IMGT contribuent ainsi de manière significative à l'analyse et à l'étude des répertoires des séquences d'Ig et de TcR dans les réponses immunitaires normales et pathologiques. Ces informations sont également importantes pour les études structure-fonction lors de la reconnaissance antigène-anticorps ou la reconnaissance TcR-peptide-CMH. IMGT développe un accès unique et rapide à toutes les informations structurales concernant les Ig, les TcR et les molécules du CMH. La base propose dès à présent des représentations 2D, dites "Colliers de Perles", des V-REGIONs des Ig et TcR (http://imgt.cnusc.fr:8104/textes/MPpage.html). Celles-ci permettent de visualiser la position des acides aminés dans les brins des feuillets ? et les boucles du domaine hypervariable. Le programme IMGT/Colliers de Perles, en cours de développement, fournit cette représentation 2D à partir de la séquence linéaire protéique. Il sera mis à la disposition des chercheurs et cliniciens sur l'interface WWW de IMGT dans un environnement JAVA.

La numérotation unique IMGT des acides aminés peut être appliquée aux fichiers PDB: des représentations 3D des molécules d'Ig et de TcR ont été réalisées selon les critères IMGT (des exemples sont accessibles à http://imgt.cnusc.fr:8104/textes/MPpage.html). L'utilisation de cette numérotation permet aux chercheurs de passer rapidement des séquences aux données structurales.

Les développements de IMGT ont d'importantes retombées dans la compréhension des relations entre séquences, structures et spécificités des molécules d'Ig et de TcR, dans la recherche médicale (répertoire dans les maladies autoimmunes, SIDA, leucémies, lymphomes, myélomes), les approches thérapeutiques (greffe, ingénierie des anticorps), et les études sur la diversité et l'évolution du génome.