Le rhamnogalacturonane-II (RG-II) est un méga-oligosaccharide acide complexe présent dans les parois primaires des végétaux supérieurs. Il peut representer jusqu'à 20% de la totalité des polysaccharides (grappe du vin rouge). Il est constitué de onze monosaccharides dont des sucres rares méthylés, branchés, acides et acides branchés. Le squelette du RG-II est composé de résidus acide galacturoniques esterifiés par des groupements méthylés ou non, certains de ces résidus sont branchés par des chaînes oligosaccharidiques (voir figure). Il a été démontré que le RG-II existe sous forme de monomère mais aussi sous forme de dimère stabilisé par un lien du type borate di-ester. Ce complexe est stable, il peut représenter 98% du RG-II total pour certains vins.

La modelisation moléculaire d’un méga-oligosaccharide d’une telle complexité nécessite plusieurs étapes. La première passe par la caractérisation des conformations de basse énergie de chaque monomère, en particulier des cycles furaniques dont l’importante flexibilité peut avoir de grandes consequences sur la forme globale de la molécule. Enfin l’etude des potentialités conformationnelles de chacune des 19 liaisons glycosidiques doit être réalisée par l’établissement de cartes adiabatiques. Ces informations sont ensuite utilisées afin de proposer differents modèles préliminaires de la structure complète. Ces modèles seront discutés.